Человек-ящик, находясь в своём ящике, начинает вести записи о сущности человека-ящика, подробно описывая оптимальные характеристики ящика, необходимые для комфортного пребывания в нём в любых погодных условиях, а также перечисляя важные предметы для человека-ящика. Оптимальным материалом оказывается гофрированный картон, в котором вырезается окно, закрытое полиэтиленовой шторкой, разрезанной пополам, чтобы при лёгком движении головы можно было видеть происходящее вокруг. В момент, когда человек надевает ящик и выходит на улицу, исчезает как ящик, так и сам человек, уступая место новому существу — человеку-ящику.
Каждый человек-ящик обладает собственной историей. В частности, история А. рассказывает о том, что под его окнами поселился человек-ящик, чьё присутствие вызывало у А. раздражение, из-за чего он выстрелил в него из духового ружья. После ухода человека-ящика А. постепенно забыл о нём, но однажды, приобретя новый холодильник, он почувствовал непреодолимое желание самостоятельно залезть в картонный ящик, в котором поставлялся прибор. Возвращаясь с работы, он проводил время внутри ящика и со временем настолько с ним сроднился, что не захотел выходить на свободу, в итоге, надев ящик, покинул дом и не вернулся.
Повествование человека-ящика, ведущего записи, меняется по стилю — то он говорит от первого лица, то переходит к чужим историям, его речь то монологична, то напоминает диалог, что затрудняет различение реальных и вымышленных персонажей, создавая эффект причудливого потока сознания.
В одном из эпизодов человек-ящик сидит на берегу канала под мостом и ожидает девушку, которая согласилась купить его ящик за определённую сумму. Несколько дней назад, находясь у забора завода, он был ранен в плечо выстрелом из духового ружья, но успел сфотографировать нападавшего. Девушка, появившись на велосипеде, помогла ему деньгами для лечения и подсказала клинику, расположенную поблизости.
В клинике выяснилось, что стрелявший — врач этого заведения, а девушка — медсестра. Во время пребывания там девушка проявляла к человеку-ящику тёплое внимание и с интересом слушала его рассказы. Человек-ящик пообещал ей достать ящик за оговоренную сумму. После выписки он почувствовал себя плохо, подозревая, что его могли без его согласия под наркотики. Позже девушка пришла к нему, бросив деньги и письмо с просьбой до отлива разорвать ящик и выбросить его в море. Человек-ящик размышляет о мотивах девушки и не желает возвращаться в прежний мир, надеясь, что встреча с ней позволит ему совершить метаморфозу и превратиться в новое существо, подобно насекомому, сбрасывающему оболочку.
Желая изменить ситуацию, человек-ящик решает встретиться с девушкой и отменить сделку. Наблюдая через автомобильное зеркало за клиникой, он видит, как девушка ведёт разговор с другим человеком-ящиком, который оказывается врачом и двойником повествователя, лжечеловеком-ящиком. Сначала кажется, что это воспоминание, но затем понимается, что это сон. Человек-ящик вспоминает рассказ девушки о её жизни: она была бедной студенткой-художницей, работавшей натурщицей и медсестрой, оставшейся в клинике после аборта. Он испытывает ревность к своему двойнику и считает, что выйти из ящика несложно, но предпочитает оставаться в нём, хотя и желает протянуть руку помощи.
На пустынном пляже человек-ящик готовится навсегда покинуть ящик, представляя его как тоннель, выход из которого освещён образом обнажённой девушки. Он планирует прийти в клинику к восьми часам, чтобы объяснить все детали девушке и при необходимости врачу-двойнику. В своих мыслях он рассказывает, что раньше внимательно следил за новостями, но после того, как увидел мёртвого человека и отказался его фотографировать, перестал интересоваться новостями, полагая, что среди тех, кто их не слушает, нет злодеев.
Лжечеловек-ящик настолько похож на человека-ящика, что тот ощущает двойственность собственного «я». Лжечеловек предлагает человеку-ящику вступить в любые отношения с девушкой при условии постоянного наблюдения за ними, поскольку пребывая в ящике, он не представляет угрозы. Человек-ящик привык сам наблюдать, но не готов быть объектом наблюдения. Лжечеловек обвиняет его в нежелании расстаться с ящиком и указывает на противоречия в его словах. Человек-ящик признаёт, что собеседник — плод его воображения, и в реальности существует лишь один человек, ведущий записи, который намерен продолжать их бесконечно, цепляясь за ящик. Он утверждает, что с уничтожением ящика исчезнут и записи, и лжечеловек-ящик.
Собеседник указывает на несоответствие: человек-ящик заявляет, что писал записи всего полтора часа, тогда как они занимают почти шестьдесят страниц, что позволяет предположить, что автор записей — другой человек, возможно, лжечеловек-ящик, который воображает персонажа человека-ящика, создающего в свою очередь образ лжечеловека-ящика. Независимо от автора, повествование движется хаотично.
В показаниях С. сообщается, что он родился в 1926 году, служил санитаром под руководством военного врача, а после войны под его руководством и с его ведома практиковал медицину самостоятельно. Он жил в незарегистрированном браке с бывшей женой военного врача N., которая помогала ему в работе, но рассталась с ним после того, как он нанял медсестру-практикантку Ёко Тояма. Во время войны военный врач тяжело заболел, и С. вводил ему морфин, что вызвало у врача наркотическую зависимость. Несмотря на ухудшение состояния, врач продолжал полагаться на помощь С., но в итоге задумался о самоубийстве, требуя увеличения дозы наркотика и возможности наблюдать за обнажённой медсестрой. По предложению жены врача С. принял его личность, зарегистрировал клинику на своё имя, а сам врач ушёл в изоляцию. С. предполагает, что врач, возможно, надел на себя картонный ящик, подражая бродяге, замеченному в городе, или сам был тем бродягой. Известно, что человек-ящик иногда выходил из клиники и возвращался в неё.
Когда на берегу приморского бульвара был найден труп человека-ящика с признаками многочисленных уколов, это вызвало подозрения в связи с клиникой и позволило опознать погибшего.
Военный врач, вероятно, пишет своему сообщнику, прося помочь ему покончить с жизнью, инсценировав утопление. С. не прислал девушку, чьё присутствие было необходимым условием для самоубийства, что заставляет автора записок сделать вывод о приближении конца. С. вводит врачу морфин и убивает его, а затем ложной водой из канистры создаёт видимость утопления. Записки обрываются на полуслове. В последней вставке автор заявляет о намерении предстать в истинном облике и честно раскрыть свою цель, отмечая, что всё написанное ранее — плод воображения, и что для приближения к истине важнее не выяснять, кто настоящий человек-ящик, а определить, кто является ложным.
В финале человек-ящик приходит в клинику, где на дверях висит табличка «приём окончен». Нажав звонок, он попадает внутрь, где женщина, вероятно, приняв его за лжечеловека-ящика, требует снять ящик. Он объясняет, что находится в ящике голым, так как мальчики украли его одежду во время сна. Женщина тоже раздевается, и они обнимаются. Человек-ящик признаётся, что он — ненастоящий человек-ящик, а записи, которые он ведёт, — настоящие, полученные от умершего настоящего человека-ящика. В течение двух месяцев они живут вместе обнажёнными, стараясь быть как можно ближе друг к другу, но вскоре женщина одевается и молча смотрит на него. Осознание его уязвимости заставляет его вновь заползти в ящик, предпочитая не выходить, а запереть в нём весь мир, чтобы он стал таким, каким он его представляет. Выключив свет и сняв ящик, он выходит в комнату женщины, но пространство превращается в переулок у вокзала, и он тщетно пытается найти её.
Человек-ящик добавляет к описанию устройства ящика, что в нём обязательно должно оставаться достаточно места для записей, поскольку внутреннее пространство представляет собой сложный лабиринт, в котором, вероятно, исчезает и женщина — не убегая, а просто не находя, где находится человек-ящик. Многообразие путей символизирует множество истин. В этот момент раздаётся звук сирены скорой помощи.
