В Афинах наиболее известным философом считался Сократ, который впоследствии был осуждён и казнён за то, что подвергал сомнению устоявшиеся нормы и, по мнению обвинителей, разрушал нравы, ослабляя тем самым государство. Однако до этого события прошло время, и первоначально он фигурировал лишь в комедийном произведении, где ему приписывались мысли и идеи, которые он никогда не выражал и которым противоречил. Название комедии — «Облака» — связано с образом философов, размышлявших о природе вещей и пытавшихся объяснить их происхождение через различные элементы, включая воду, огонь и нечто неопределённое, подобное облакам, постоянно меняющим форму. В этом контексте Облака выступают как символ новых богов философов, хотя сам Сократ уделял внимание скорее человеческим поступкам, а не космогонии, что в комедии не учитывалось.
Важным аспектом было то, что новые философы подвергали сомнению традиционные представления о добре и зле, доказывая с помощью логики, что привычные моральные установки не являются однозначными. Это вызывало тревогу у афинских граждан, что и стало темой комедии. Главным героем является Стрепсиад — состоятельный афинянин, чей сын, молодой человек, увлечённый скачками и стремящийся к знаниям, обременяет отца долгами. Стрепсиад, измученный мыслями о кредиторах, решает обратиться к новым мудрецам, способным доказывать неправду как правду, в надежде таким образом избежать расплаты.
Стрепсиад приходит в «мыслильню» Сократа, где его ученик рассказывает о занятиях, связанных с изучением мельчайших и тонких явлений, приводя примеры измерения прыжков блохи и объясняя происхождение звуков комара. Сам Сократ появляется в гамаке на крыше, объясняя, что для понимания мироздания нужно приближаться к звёздам. Он знакомит Стрепсиада с новыми богами — Облаками и Вихрем, отрицает традиционного Зевса, объясняя гром как бурление воздуха в облаках и утверждая, что наказания за грехи не существует, а ключ к успеху — умение спорить и переубеждать, что является основой их учения.
Для решения проблемы с долгами предлагается использовать лжесвидетельство, клянясь Зевсом, которого уже нет, вследствие чего ложь остаётся безнаказанной. В ходе представления разворачивается спор между персонажами Правда и Кривда, которые борются друг с другом, сопровождаемые хором. В споре Кривда оказывается сильнее, доказывая, что прежние нормы устарели и теперь следует руководствоваться не природой, а договорённостями, оправдывая аморальное поведение и насмешки над традициями.
Воодушевлённые Стрепсиад и его сын успешно применяют новые знания для отказа платить долги, используя логические уловки и ложные клятвы, что приводит кредиторов в ярость и заставляет их отступить. Однако хор Облаков предупреждает о грядущих последствиях. Расплата наступает неожиданно: между Стрепсиадом и сыном возникает конфликт из-за разногласий в оценке творчества Еврипида, в результате которого сын избивает отца, оправдываясь тем, что по природе вещей допустимо нарушать традиционные запреты. Стрепсиад осознаёт опасность ситуации и обращается к Облакам, но получает в ответ напоминание о неизбежности страданий как части обучения.
Поняв горький опыт, Стрепсиад решает расправиться с Сократом, поджигая его школу. Сопровождаемые криками, дымом и пожаром, события завершаются, подводя итог комедии.