Протопоп Аввакум составил своё житие по благословению инока Епифания, своего духовного наставника. В 1654 году в России произошло солнечное затмение, которое воспринималось как знак гнева Божьего в связи с искажением веры патриархом Никоном. Через четырнадцать лет случилось новое затмение, в время которого Аввакума и его последователей постригли и заключили в темницу.
Аввакум родился в Нижегородской земле в семье священника Петра и молитвенницы Марии, принявшей позже имя Марфа в иночестве. Отец часто злоупотреблял вином. В детстве Аввакум однажды увидел у соседа мёртвую скотину и задумался о смерти, после чего стал регулярно молиться по ночам. После смерти отца мать устроила его брак с Анастасией, дочерью кузнеца Марка, которая была бедна и много молилась о замужестве с Аввакумом. Позже мать ушла в монастырь и умерла.
В двадцать один год Аввакум был рукоположён в дьяконы, спустя два года стал священником, а через восемь лет получил сан протопопа. За время служения он имел около пятисот-семи духовных чад, так как везде проповедовал слово Божье. Однажды к нему на исповедь пришла девушка, кающаяся в блудных грехах, и во время её покаяния Аввакум почувствовал внутреннее влечение, что выразилось в том, что он, зажёгши три свечи, положил руку на пламя. Вернувшись домой, он молился и плакал перед иконой, где ему явилось видение трёх кораблей, символизирующих духовных детей и самого Аввакума.
Когда некий начальник отнял у вдовы дочь, Аввакум заступился за сироту и был за это избит, несмотря на то, что вскоре девицу возвратили матери. Позднее другой начальник пытался убить протопопа, но оружие не выстрелило, после чего Аввакума с семьёй изгнали из дома. Он отправился с женой и новорождённым ребёнком в Москву, где младенца крестили по пути. В столице Аввакум получил грамоту о возвращении на прежнее место, куда и вернулся, но вскоре столкнулся с новыми трудностями: изгнал скоморохов и отнял у них двух медведей. Воевода Василий Петрович Шереметев взял его с собой в поездку на корабле, однако Аввакум отказался благословить сына Шереметева за бритьё бороды, что вызвало гнев боярина.
Евфимей Стефанович, другой начальник, также проявлял враждебность к Аввакуму, пытался захватить его дом, но после болезни попросил прощения, был исповедан и помазан святым маслом протопопом и стал духовным чадом вместе с женой. Несмотря на это, Аввакума изгнали с этого места, и он вновь отправился в Москву, где получил назначение в Юрьевец-Поволский. Там он подвергся нападениям со стороны священников и прихожан, однако воевода приказал охранять его дом. Царь был недоволен оставлением Аввакумом места службы, и тот жил в Москве при Казанской церкви у протопопа Ивана Неронова.
Став новым патриархом, Никон ввёл крестное знамение тремя перстами и уменьшил число земных поклонов. Иван Неронов предсказал время испытаний, и Аввакум вместе с костромским протопопом Даниилом направил царю письмо, в котором осудил нововведения Никона как ересь. В ответ Никон приказал арестовать Даниила, которого расстригли и сослали в Астрахань, а Ивана Неронова тоже сослали, а Аввакума посадили в темницу на цепь. Его не кормили три дня, но затем появился неизвестный — человек или ангел — и принёс ему пищу. Протопопа собирались расстригать, но по просьбе царя этого не сделали.
Аввакума с семьёй сослали в Сибирь, где архиепископ назначил его служить в церкви Тобольска. За полтора года на него было подано пять доносов. Дьяк Иван Струна, занимавшийся епархиальными делами, преследовал Аввакума, но тот в ответ схватил за бороду другого дьяка, Антона, и запер церковные двери, избив Струну ремнём. За это протопоп подвергся угрозам со стороны родственников Струны. Последний за взятку покрыл грех кровосмешения, за что Аввакум проклял его в церкви. Вскоре Струна умер, а архиепископ Пётр Бекетов ругал Аввакума за проклятие.
По указу Аввакума перевезли на Лену, а затем в Даурию, где он оказался под властью жёсткого воеводы Афанасия Пашкова, который возглавлял отряд по освоению земель. На Тунгуске корабль протопопа чуть не затонул, и его жена спасла детей из воды. Воевода приказал двум вдовам, направлявшимся в монастырь, возвращаться и выходить замуж, на что Аввакум возразил. Пашков хотел высадить его в горах, но получил от протопопа обличительное письмо и избил его кнутом.
Аввакума посадили в Братском остроге, где он сначала находился в холодной темнице, а потом перевели в тёплую избу. Семья жила вдалеке, у женщины по имени Ксения. На Рождество сын Иван пришёл навестить отца, но воевода не разрешил встречи. Весной путешествие продолжилось, и Аввакум был вынужден тянуть лямку, летом переходить водоёмы, зимой волочить нарты. На реке Хилке барка сорвалась течением, и протопоп едва не утонул. Одежда сгнила, имущество было размытой водой.
Зимой Аввакум с маленькими детьми тянул нарты, начался голод. Пашков не разрешал промысла, и многие умерли от голода. Летом питались травой и корнями, зимой — сосновой кашей, ели мясо замёрзших волков и лисиц. Помощь оказывали жена и сноха воеводы. Воевода прислал двух бесноватых вдов — Марию и Софью, которых Аввакум исцелил молитвой и причастием. После этого их забрали, и они вновь пришли в состояние безумия, но возвращались к протопопу, который снова их исцелял. Впоследствии обе стали монахинями.
Отряд возвращался с Нерчи-реки к Русе, люди были изнурены голодом и усталостью, падали на льду. Аввакумова жена была слаба, однако сохраняла твёрдость духа. На нарте случайно погибла курочка, которая несла по два яйца в день. Жена Пашкова посылала сына к Аввакуму за благословением, но когда ребёнок заболел, обратилась к знахарю, что усугубило болезнь. Протопоп помолился, помазал ребёнка святым маслом, и тот выздоровел.
Пашков отправил сына Еремея с казаками на войну в Мунгальское царство и советовался с шаманом о её успехе. Аввакум молился о неудаче похода, чтобы сорвать предсказание. Позднее он пожалел Еремея, который был благочестив и защищал Аввакума от отца. Воевода узнал о молитвах протопопа, желавшего неудачи, и хотел его пытать, но в это время Еремей вернулся и сообщил о гибели войска, а также о том, что во сне ему явился Аввакум и указал путь спасения.
Получив указ ехать на Русь, Пашков не взял с собой Аввакума, который отправился отдельно, взяв с собой больных и стариков, а также двух преступников, которых хотели убить казаки. По дороге им встретились русские рыбаки, которые помогли пищей. Добравшись до русских городов, Аввакум увидел господство никониан и задумался, стоит ли проповедовать или скрываться. Женщина ободряла его, и он повсюду осуждал Никона и его последователей.
В Москве царские власти и бояре приняли Аввакума, предложив ему любое место службы, если он примет единство с Никоном, но он отказался. Ещё в Тобольске Бог предостерёг его во сне, а в Даурии через дочь Огрофену было предупреждение, что отказ от правой веры приведёт к смерти. Царь просил Аввакума хотя бы молчать о разногласиях, и тот согласился. В это время он жил у боярыни Федосьи Морозовой, своей духовной дочери. Множество людей приходили к нему за советом и дарили подарки. Через полгода Аввакум вновь направил царю письмо с просьбой защитить Церковь от ереси Никона, после чего ему с семьёй приказали сослаться на Мезень. Спустя полтора года его и старших сыновей вернули в Москву, а жена с младшими детьми остались на Мезени.
Десять недель Аввакума держали на цепи в Пафнутьевом монастыре, затем привезли в церковь, где его расстригли и прокляли. Он же проклял никониан в ответ. Потом вернули в монастырь. Келарь Никодим сначала относился к Аввакуму с добротой, но отказался открыть дверь темницы в Светлый праздник Пасхи. Позже Никодим заболел, и ему явился в образе Аввакума духовный вид, который исцелил его. Келарь покаялся.
Протопопа навещали дети вместе с юродивым Феодором, который был великим подвижником, уделял много внимания молитве и совершал по тысяче поклонов, ходил в мороз в одной рубахе. Феодор чудесным образом сбежал из Рязани, где был в узах, но впоследствии был удавлен на Мезени.
Аввакума перевезли в Москву, в Чудов монастырь, где он был поставлен перед собором вселенских патриархов. Там он спорил о вере, обличая их, и патриархи хотели избить его, но были пристыжены словами протопопа. Царь послал к нему посланцев с просьбой согласиться хотя бы в чём-то с патриархами, но Аввакум отказался.
Его сослали в Пустозерск, откуда он продолжал писать царю и всем православным. На Мезени казнили двух его духовных чад — Феодора юродивого и Луку Лаврентьевича. Сыновей протопопа, Прокопия и Ивана, хотели повесить, но те, испугавшись, покаялись, после чего были вместе с матерью погребены в земляной темнице.
Пришёл указ посадить Аввакума в земляную темницу. Он пытался умереть голодом, но собратья не позволили. Позже власти схватили священника Лазаря, отрезали ему язык и правую руку, при этом отсечённая рука сложила пальцы для крестного знамения, а язык через два года чудесно отрос. Аналогичные чудеса произошли с иноком Епифанием и дьяконом Феодором. В Москве многих противников Никона сожгли.
В молодости, когда Аввакум был ещё простым священником, царский духовник Стефан подарил ему книгу Ефрема Сирина, которую Аввакум обменял на лошадь. Его брат Евфимий заботился о лошади больше, чем о молитве, за что Бог наказал его беснованием. Аввакум изгнал беса, но брат выздоровел только после того, как книга была возвращена и деньги отданы.
В темнице Аввакум жил с бесноватым стрельцом Кирилушком, терпел его выходки и исповедал перед смертью. В Москве он изгнал беса из Филиппа, прикованного к стене за непослушание. Однажды, рассердившись на жену и домочадицу Фетинью из-за ссоры, протопоп побил их обеих, после чего не мог справиться с бесом, пока не попросил прощения.
Два месяца в Тобольске он держал у себя бесноватого Феодора, молился о его излечении. После исцеления Феодор вновь досаждал в церкви и был прикован к стене, но, взбесившись, убежал и стал творить безобразия. Аввакум продолжал молиться за его исцеление. Перед ссылкой в Даурию Феодор пришёл к нему здоровым и благодарил за помощь, рассказывая, что бесов отогнал некий в образе Аввакума.
На протопопа нападала бесноватая домочадица Офимья, которую он также исцелил. В Тобольске у него была духовная дочь Анна, которая, вопреки советам Аввакума, вышла замуж за первого хозяина Елизара. После этого на неё начал нападать бес. Однажды она провела три дня и три ночи во сне молитвы и рассказала, что ангелы велели ей слушаться духовного отца. Позже, когда Аввакума сослали, Анна постриглась в монахини и раскаялась перед ним. Сначала он сердился, но затем простил и благословил её. Она также страдала за веру.
Аввакум исцелял младенцев, страдавших грыжей. В первые годы службы его часто пугали бесы, но он преодолевал страх и изгонял их.