С рыболовного судна забрасывают сеть с приманкой, и Стая чаек собирается, чтобы с помощью хитрости или силы добыть пищу. Единственным исключением является чайка по имени Джонатан Ливингстон, который занимается тренировками полётов в одиночестве. Он нарушает неписаные правила Стаи, зависая в воздухе, летая низко над водой и развивая высокую скорость, стремясь совершенствовать своё мастерство в полётах.
Джонатан игнорирует основное занятие чаек — поиск пищи, что вызывает беспокойство у его родителей, считающих, что от сына остались лишь перья и кости. Поддавшись их уговорам, он на неделю живёт как остальные чайки, но затем понимает бессмысленность такого образа жизни и возвращается к тренировкам. В течение следующей недели он пытается овладеть управлением полётом на большой скорости, но безуспешно.
Однажды, стремительно снижаясь с большой высоты, Джонатан сильно ударяется о воду и теряет сознание. Очнувшись, он слышит голос, утверждающий, что он всего лишь чайка, не предназначенная для скоростных полётов. Решив смириться с этим, он направляется обратно в Стаю, но по пути приходит к выводу, что скорость можно контролировать, уменьшив длину крыльев. Забвив о неудаче, он продолжает тренировки и достигает успеха.
На следующее утро Джонатан случайно врезается в чаек, которые завтракают, но справляется с управлением. В течение дня ему удаётся выполнить несколько сложных фигур высшего пилотажа. Вечером созывается очередной совет Стаи. Старейший приказывает Джонатану выйти в центр круга, образованного чайками — это может стать либо величайшей честью, либо позором. Ожидая похвалы за свои достижения, Джонатан вместо этого получает приговор к изгнанию на Дальние Скалы за нарушение достоинства и традиций Стаи.
Оставшиеся дни он проводит в одиночестве, ежедневно узнавая что-то новое и совершенствуя своё мастерство в добыче пищи. Он не испытывает тоски по Стае и ведёт долгую и счастливую жизнь.
Со временем Джонатан стареет. Однажды возле него появляются две белоснежные чайки, владеющие полётом не хуже его. Они сообщают, что Джонатан принадлежит их Стае и приглашают его домой. Поднявшись выше облаков, Джонатан становится белоснежным и сияющим, попадает в иной мир, который воспринимает как небеса — рай для чаек. Здесь также существует Стая, птицы которой непрерывно тренируются, стремясь к совершенству. Наставник, белоснежная чайка Салливан, объясняет, что такие, как Джонатан, — редкое исключение. Обычно чайки переходят в следующий мир почти без изменений, и каждый новый мир мало отличается от предыдущего. Чтобы достичь уровня Джонатана, большинству птиц приходится пройти десятки тысяч миров и прожить множество жизней. Старейший Стаи разъясняет, что небеса — это не место и не время, а достижение совершенства. Джонатан приблизится к нему, когда научится летать со скоростью мысли. Старейший уже овладел этим умением, и Джонатан просит его обучить.
Со временем Джонатан осознаёт своё совершенство и безграничные возможности. Он мгновенно перемещается на планету с двумя солнцами и начинает учиться перемещаться во времени. Наступает момент, когда перья Старейшего начинают сиять ещё ярче, и он исчезает, оставив Джонатану задание постичь суть любви.
Вскоре Джонатан вспоминает о своей прежней Стае и предполагает, что там может появиться чайка, решившаяся вырваться из рамок своей природы, возможно, подвергшаяся изгнанию. Жажда вернуться на землю становится сильнее, несмотря на попытки Салливан удержать его. В один из дней Джонатан возвращается и находит чайку Флетчера, которого также изгнали. Этот становится его первым учеником.
Флетчер Линд проявляет большое стремление к полётам и становится почти идеальным учеником. Через три месяца у Джонатана появляется ещё шесть учеников, все они изгнанники, увлечённые новой идеей летать ради радости самого полёта. Вечерами Джонатан пытается передать им идею всеобъемлющей свободы, но уставшие ученики зачастую засыпают, не дослушав наставника.
Ещё через месяц Джонатан решает вернуться в Стаю. Несмотря на протесты учеников, они следуют за ним. Старейший приказывает не обращать внимания на изгнанников. Сначала Джонатан видит лишь равнодушные спины соплеменников, но продолжает обучение.
Со временем ученики начинают внимательнее слушать Джонатана, а по ночам к ним присоединяются молодые чайки из Стаи, заинтересованные в учении. Через месяц после возвращения молодёжь начинает переходить на сторону Джонатана. Одна из чаек, Кэрк Мейнард, с повреждённым крылом, желая летать, обращается к Джонатану за помощью. Тот говорит ему, что он свободен и ничто не может ему помешать. Кэрк расправляет крылья и взмывает в небо перед изумлённой Стаей. Ученики начинают воспринимать Джонатана как божество.
Спустя неделю происходит несчастье: Флетчер теряет управление и разбивается на высокой скорости о гранитную скалу. В другом мире Джонатан находит его и предлагает выбор — остаться там или вернуться домой. Флетчер решает вернуться. Увидев это, Стая считает Джонатана либо дьяволом, либо Сыном Великой Чайки. После этого случая Флетчер осваивает мгновенные перемещения.
Вскоре Джонатан приходит к выводу, что его миссия в Стае завершена. Он наставляет Флетчера продолжать поиски самого себя и стремиться каждый день становиться лучше. Затем тело Джонатана начинает излучать призрачный свет, он растворяется в воздухе, а Флетчер принимает на себя роль учителя для новых новичков.
