Эстрагон сидит на холме и безуспешно пытается снять башмак с ноги. Владимир появляется и выражает радость по поводу его возвращения, так как думал, что Эстрагон исчез навсегда. Сам Эстрагон подтверждает это, рассказывая, что провёл ночь в канаве, где его избивали, однако он не запомнил, кем именно. Владимир размышляет о том, как тяжело справляться с такими испытаниями одному. Он вспоминает, что если бы они раньше, ещё в девяностые годы, решились на самоубийство, то были бы первыми, а теперь даже наверх не пустят. Владимир пытается стряхнуть что-то из своей шляпы, но ничего не выпадает. Он отмечает, что причина трудностей, вероятно, не в башмаке, а в особенности ноги Эстрагона. Владимир вспоминает библейский эпизод о спасённом разбойнике и предлагает Эстрагону покаяться, удивляясь тому, что из четырёх евангелистов только один упоминает спасение разбойника, и все ему верят. Эстрагон предлагает уйти, но Владимир настаивает на том, что уходить нельзя, поскольку они ждут Годо, который обещал прийти в субботу. Однако они уже не могут вспомнить, ждали ли его вчера и какой сегодня день недели. Эстрагон засыпает, но Владимир, почувствовав одиночество, будит его. Эстрагон предлагает повеситься, однако они не могут решить, кто должен сделать это первым, и в итоге соглашаются ничего не предпринимать, считая это безопаснее. Они решают дождаться Годо и узнать его мнение. Оба не помнят, о чём именно просили Годо, вероятно, это была неопределённая мольба. По их словам, Годо ответил, что должен обдумать, посоветоваться с семьёй, связаться с кем-то, изучить литературу, проверить банковские счета и только после этого принять решение.

Внезапно раздаётся пронзительный крик. Владимир и Эстрагон, прижавшись друг к другу, замирают от страха. Появляется Лаки с чемоданом, складным стулом, корзиной с едой и пальто; верёвка вокруг его шеи, конец которой держит Поццо. Поццо щёлкает кнутом и командует Лаки, ругая его. Эстрагон осторожно спрашивает, не является ли Поццо Годо, но тот не знает, кто такой Годо. Поццо путешествует в одиночестве и рад встрече с подобными ему, созданными по образу Божьему. Он не может долго обходиться без общества. Решив присесть, Поццо приказывает Лаки подать стул. Лаки ставит чемодан и корзину на землю, раскладывает стул, затем снова берет их в руки. Поццо недоволен и требует поставить стул ближе. Лаки повторяет действия, вызывая недоумение у Владимира и Эстрагона, которые не понимают, почему он не оставляет вещи на земле. Поццо берётся за еду, съедает цыплёнка и бросает кости на землю, после чего раскуривает трубку. Эстрагон спрашивает, нужны ли кости, и получает ответ, что они принадлежат носильщику, но если Лаки от них откажется, Эстрагон может их взять. Лаки молчит, и Эстрагон начинает грызть кости. Владимир осуждает Поццо за жестокое обращение с Лаки, но тот игнорирует замечания и курит ещё одну трубку. Владимир и Эстрагон собираются уйти, но Поццо приглашает их остаться, поскольку иначе они не смогут встретиться с Годо, которого так ждут.

Эстрагон пытается узнать у Поццо, почему Лаки не ставит вещи на землю. После нескольких повторений вопроса Поццо объясняет, что Лаки имеет право ставить тяжёлые вещи, но не делает этого по собственной воле, вероятно, надеясь вызвать жалость, чтобы Поццо не прогонял его. Поццо считает, что Лаки бесполезен, не справляется с работой, и хотел бы избавиться от него, но из жалости ведёт его на ярмарку, надеясь продать. Поццо признаётся, что лучше было бы убить Лаки. Тот плачет, и Эстрагон жалеет его, пытаясь вытереть слёзы, но Лаки пинает его ногой, причиняя боль. Поццо замечает, что слёз становится столько же, сколько и смеха, поскольку когда один перестаёт плакать, другой начинает. Поццо говорит, что всему этому его научил Лаки, с которым он знаком уже шестьдесят лет. Он приказывает Лаки снять шляпу, под которой обнаруживаются длинные седые волосы, тогда как сам Поццо лыс. Поццо плачет, признавая, что не может больше терпеть Лаки. Владимир укоряет Лаки за издевательства над Поццо, тот успокаивается и просит забыть сказанное. Поццо произносит пафосную речь о красоте сумерек, но Эстрагон и Владимир скучают. Чтобы их развлечь, Поццо предлагает приказать Лаки спеть, танцевать, читать или думать. Эстрагон желает, чтобы Лаки сначала сплясал, а потом подумал. Лаки исполняет танец, затем произносит бессмысленный научный монолог. Поццо и Лаки уходят, Эстрагон хочет уйти вслед за ними, но Владимир останавливает его, напоминая о необходимости ждать Годо. Появляется мальчик, сообщающий, что Годо сегодня не придёт, но обязательно придёт завтра. Наступает ночь. Эстрагон решает больше не носить башмаки, предпочитая ходить босиком, подобно Христу. Он пытается вспомнить, сколько лет дружит с Владимиром, тот считает около пятидесяти. Эстрагон вспоминает, как однажды бросился в реку Рона, и Владимир его спас, но тот не желает обсуждать прошлое. Они размышляют о том, не стоит ли им расстаться, но решают пока остаться вместе. Эстрагон предлагает идти, Владимир соглашается, но оба остаются на месте.

На следующий день, в то же время и в том же месте, на дереве появились листья. Владимир приходит, рассматривает башмаки Эстрагона, затем внимательно смотрит вдаль. Появляется босой Эстрагон, Владимир рад его возвращению и пытается обнять, сначала безуспешно, но затем они обнимаются. Эстрагон снова подвергся избиению, Владимир его жалеет. Они признают, что им лучше поодиночке, но всё же каждый день приходят сюда и убеждают себя, что рады встрече. Эстрагон спрашивает, чем заняться, учитывая их радость. Владимир предлагает ждать Годо. С момента предыдущего дня многое изменилось: на дереве появились листья, однако Эстрагон не помнит события вчерашнего дня и даже не вспоминает Поццо и Лаки. Они решают поговорить, так как не умеют молчать. Болтовня помогает отвлечься от мыслей и звуков, которые им слышатся издалека. Они решают начать всё сначала, хотя выбор начала кажется сложным. Отчаиваться рано, но мысли всё равно одолевают. Эстрагон уверен, что вчера они не были здесь, а находились в другом месте и разговаривали на разные темы, и продолжают это делать уже много лет. Он считает, что башмаки на сцене не его, поскольку они другого цвета. Владимир предполагает, что кто-то, кому жали башмаки, взял их, оставив свои. Эстрагон не понимает, зачем кому-то нужны его башмаки, ведь они тоже жали. Владимир объясняет, что башмаки нужны именно Эстрагону. Эстрагон пытается понять, но безуспешно. Он устал и хочет уйти, но Владимир напоминает, что уходить нельзя — надо ждать Годо.

Владимир замечает шляпу Лаки, и они с Эстрагоном по очереди примеряют все три шляпы — свои и шляпу Лаки. Они решают поиграть в роли Поццо и Лаки, но вдруг замечают, что кто-то идёт. Владимир надеется, что это Годо, однако с другой стороны появляется ещё один человек. Опасаясь окружения, они прячутся, но никто не приходит; вероятно, это было лишь впечатление Эстрагона. Не зная, как провести время, Владимир и Эстрагон то ссорятся, то мирятся. Входят Поццо и Лаки. Поццо ослеп, а Лаки несёт те же вещи, при этом верёвка стала короче, чтобы Поццо было легче идти. Лаки падает, увлекая Поццо. Лаки засыпает, а Поццо пытается подняться, но не может. Понимая, что Поццо в их власти, Владимир и Эстрагон обсуждают условия помощи. Поццо обещает сто, затем двести франков. Владимир пытается поднять Поццо, но сам падает. Эстрагон соглашается помочь Владимиру, если после этого они уйдут и не вернутся. При попытке поднять Владимира Эстрагон тоже падает. Поццо отползает в сторону. Эстрагон забывает имя Поццо и начинает называть его разными именами, пока не кричит «Авель!». Поццо зовёт на помощь. Эстрагон зовёт Лаки «Каином», но на крики отвечает снова Поццо. Он замечает, что в одном человеке сосредоточено всё человечество. Эстрагон и Владимир встают. Эстрагон хочет уйти, но Владимир напоминает о необходимости ждать Годо. После раздумий они помогают Поццо подняться. Поццо не стоит на ногах, и им приходится поддерживать его. Наблюдая закат, они долго спорят, вечер это или утро, закат или восход. Поццо просит разбудить Лаки. Эстрагон бьёт Лаки, который встаёт и собирает вещи. Поццо и Лаки собираются уходить. Владимир интересуется содержимым чемодана и направлением пути. Поццо отвечает, что в чемодане песок, и они идут дальше. Владимир просит Лаки спеть перед уходом, но Поццо утверждает, что Лаки немой. Владимир удивляется. Поццо раздражён вопросами о времени и заявляет, что всё происходит в один день, похожий на все остальные. В один день человек рождается и умирает в ту же секунду. Поццо и Лаки уходят. За сценой слышен шум падения. Эстрагон дремлет, но Владимир, почувствовав одиночество, будит его. Он не может понять, где сон, а где явь, и думает, что, возможно, он спит. Когда завтра он проснётся или ему покажется, что проснулся, он не будет знать о сегодняшнем дне, кроме того, что они с Эстрагоном ждали Годо до ночи. Приходит мальчик, который, по мнению Владимира, тот же, что и вчера, но мальчик утверждает, что пришёл впервые. Он передаёт сообщение от Годо, что сегодня тот не придёт, но обязательно придёт завтра.

Эстрагон и Владимир решают повеситься, но у них нет крепкой верёвки. Они обещают принести верёвку завтра и, если Годо не придёт, совершить задуманное. Решают разойтись на ночь, чтобы утром снова встретиться и ждать Годо. Владимир предлагает идти, Эстрагон соглашается, но оба остаются неподвижными.