Капитан-лейтенант Илья Петрович Правин впервые испытал глубокое чувство любви, пронзительное и всепоглощающее. Несмотря на тревоги и предупреждения друзей, особенно первого лейтенанта Нила Павловича Какорина, а также советы корабельного врача, он неизменно стремился к встречам с княгиней Верой. После неосторожного замечания незнакомца в её присутствии возникла дуэль, в которой Правин проявил благородство и храбрость, значительно превзойдя соперника. Подозрение, что княгиня отдаёт предпочтение другому, мучило его душу, подобно бурным ветрам Атлантики. Убедившись, что его место занял молодой дипломат, Правин направился в Эрмитаж, чтобы отвлечься среди шедевров искусства. Там, у скульптуры Психеи работы Кановы, он неожиданно встретил Веру. После отчаянного признания последовал взаимный отклик, искренний и неудержимый. Счастье охватило капитана, но добродетель княгини требовала значительных усилий, чтобы преодолеть её внутренние сомнения. Однажды Правин явился к ней на дачу в парадной форме, объяснив, что выбрал длительное кругосветное путешествие вместо краткого курьерского задания, поскольку считал своё положение безнадёжным. Вера настояла на том, чтобы он ограничился плаванием по тёплому Средиземному морю, что вызвало у капитана слёзы и признание в искренности чувств. Между ними завязалась крепкая связь, подобная морскому узлу.
Через десять дней в Кронштадте фрегат «Надежда» снялся с якоря, на корме которого находились три человека: стройный штаб-офицер флота, невысокий мужчина с генеральскими знаками и прекрасная женщина. Князь Пётр, заинтересованный качеством корабельной кухни, отправился вместе с супругой за границу, имея разрешение сопровождать её до Англии на борту фрегата. Правин и княгиня Вера обменивались взглядами, в которых отражалась глубина чувств, и наслаждались совместным временем. Судно прошло через Ревель, Финляндию, Швецию, Данию и Норвегию, минуя проливы, острова и маяки, сооружённые английскими мастерами. Князь Пётр сошёл в Портсмуте, а княгиню доставили в деревню на юге острова, где она должна была дождаться возвращения мужа из Лондона. Любовники расстались.
Фрегат стоял на якоре у берега, погода ухудшалась, и Правин испытывал внутреннее беспокойство. Решив увидеть Веру ещё один раз, он намеревался сойти на берег, несмотря на возражения первого лейтенанта Какорина, который указывал на приближение бури и необходимость оставаться на судне. Между ними возник спор, после чего капитан отстранил друга от командования и отправил под арест. Он осуществил задуманное: встретился с возлюбленной, поставив на карту жизнь. Ночь прошла в страстных переживаниях на фоне бушующего моря и огромных волн. Капитан осознавал, что предаёт долг, откладывая возвращение на судно до утра, но не мог уйти. На рассвете неожиданно появился князь Пётр, который отверг жену и отправился в Лондон, освободив Правина и Веру для счастья. Между тем, в штормовом море боролся фрегат «Надежда». Вера не могла удержать капитана, и десятивесельная шлюпка устремилась в самую гущу бури.
Шлюпку с силой ударило о борт, в результате чего погибли шесть гребцов. Из-за неопытности второго лейтенанта на судне под обломками мачты погибли ещё пять человек. Правин получил тяжёлое ранение: в тело вонзился медный гвоздь, и он потерял много крови. Подавленный своей виной, капитан страдал необычайно, а вся команда и судовой врач молились о его спасении. Княгиня проводила дни и ночи у окна гостиницы, не отводя взгляда от фрегата, наблюдая через зрительную трубу. Длительное наблюдение усиливало волнение, почти равное восприятию пьесы на незнакомом языке. Она видела всё, но не могла до конца понять происходящее: корабль приводили в порядок, внезапно раздался выстрел пушки, мелькнул красный цвет, флаг опустился и вновь взвился на мачту.
Когда надежды на возвращение Правина иссякали, в сумерках появились шаги, и вошёл человек в шотландском плаще. Вера бросилась к нему, но мужская рука оттолкнула её. Это был лейтенант Какорин, который сообщил, что капитан погиб, потеряв слишком много крови. «Его кровь осталась здесь», — добавил он с горечью.
На спектакль не начинали, ожидая государя. Молодой гвардейский офицер обратил внимание на даму рядом с генералом и узнал в ней жену князя Петра. Узнав о её трагической любви к капитану Правину, он услышал, что это уже вторая жена князя, а княгиня Вера умерла в Англии вскоре после гибели Правина. Таким образом, в произведении переплетаются темы смерти и любви, добра и зла, отражая сложность человеческой жизни.