В данной части повествования формируется основной круг друзей главного героя — компания, включающая Карташева, Корнева, Долбу, Беренди, Ларио и Дарсье — а также общие интересы, объединяющие их. Первоначальное соперничество между двумя наиболее влиятельными учениками класса, Карташевым и Корневым, переходит в сближение и впоследствии перерастает в настоящую дружбу, несмотря на постоянные споры по самым разнообразным вопросам. Карташев испытывает противоречивые чувства: с одной стороны, он уважает начитанность Корнева, который знаком с произведениями Писарева, Бокля и Белинского, а также его твёрдость в суждениях, с другой — стремясь сохранить собственную точку зрения, он ограничивает влияние Корнева на своё мышление. Лишь после прочтения всех необходимых для «прогрессивного молодого человека» книг между ними устанавливается равенство.
Вскоре Карташев становится частым гостем в доме Корневых и влюбляется в младшую сестру друга. Однако увлечения гимназистов идеями Писарева и религиозные сомнения Темы, возникающие под влиянием Корнева, вступают в противоречие с семейными ценностями Карташевых. Аглаида Васильевна, мать Темы, старается приветливо принимать товарищей сына, особенно Корнева, чтобы иметь возможность следить за направлением их мыслей и интересов. Её ум, внимательное отношение к каждому из друзей и радушие вызывают симпатию у всей компании, которая решает издавать гимназический журнал, вдохновлённый существующими периодическими изданиями того времени. Каждый из участников ставит перед собой индивидуальную творческую задачу: Берендя намерен исторически доказать, что русская раса движется по пути прогресса; Долба решает популяризировать идеи Фохта, Молешотта и Бюхнера через пересказ Писарева, учитывая отсутствие переводов с оригиналов; Тема избирает более «практическую» цель — написать статью о вреде классического образования.
После выхода журнала его страницы, аккуратно переписанные ровным почерком, приносятся Карташевым домой. Восхищение у матери Темы вызывает статья Корнева с логично развитой мыслью, в то время как труд собственного сына огорчает Аглаиду Васильевну. В гимназии же обсуждают преимущественно публикации Корнева, Долбы и Беренди, а о Карташеве говорят мало. Несмотря на это, уязвлённое самолюбие не мешает Теме продолжать участие в общих дискуссиях. Через Берендю компания знакомится со спившимися техником и учителем. Разговор о судьбе этих людей перерастает в жаркий спор о земном счастье и идеале альтруистической жизни, недоступной «грязным рукам проходимца» и роковым случайностям. Однако в лице Аглаиды Васильевны Тема не находит поддержки своих взглядов о «правде кабака»: мать учит его отличать «бред опустившегося пьяницы от истины» и бороться не с людьми, а с их заблуждениями и злом.
В семье Корневых влияние родителей на сына выражается лишь в требовании соблюдения внешней благопристойности — независимо от религиозных убеждений Корнева отец настаивает на посещении церкви. В семье Карташевых к Корневу относятся с некоторой настороженностью, но неизменным интересом. Поэтому они охотно принимают приглашение Темы после экзаменов провести каникулы в их деревне, где друзья могут наслаждаться приятным бездельем. Вместе с тем Тема и Корнев не только отдыхают, но и стремятся познакомиться с жизнью крестьян, активно общаясь с сельским священником и преуспевающим помещиком Неручевым, который впоследствии станет мужем старшей сестры Карташева, Зины. Семейная жизнь Зины складывается несчастливо, и она, став матерью троих детей, оставляет их на попечение Аглаиды Васильевны, после чего постригается в монахини в Иерусалиме. Тем временем время, проведённое в гимназии, остаётся одним из самых светлых воспоминаний для всех молодых людей; мать и сестры Карташевы восхищаются умом и талантами Корнева, который хорошо поёт и обладает артистическим даром.
Возвращение в город и начало нового учебного года знаменуют начало печальных событий в судьбах некоторых героев. За лето Берендя, живя отшельником и общаясь преимущественно с «пропойцами», особенно пристрастился к алкоголю, хотя ранее вся компания не чуждалась иногда выпить. В гимназии произошёл инцидент: по доносу латиниста после литературного вечера был вынужден подать прошение об уходе преподаватель истории, любимец учеников, который выступил с речью о необходимости реформ в системе образования. Берендя и Рыльский организовали обструкцию доносчику, за что были исключены из гимназии, что оказалось роковым для Беренди. Запутавшись в денежных и любовных делах и несправедливо обвинённый в убийстве, он покончил жизнь самоубийством. Его смерть произвела сильное впечатление на гимназию. На похоронах Долба произнёс речь, едва не повлёкшую его исключение, однако благодаря заступничеству родственника нового генерал-губернатора, Карташева, он был спасён от участи Беренди и Рыльского. Последний, считавшийся самым красивым в компании и женихом Наташи Корневой, сестры Васи Корнева, о чьей помолвке знал лишь Карташев, уехал навсегда за границу. «Пропойцы», имена которых вместе с Берендей фигурировали в деле об убийстве, были высланы из Одессы.
Начавшаяся образовательная реформа привела к изменениям в жизни гимназистов: классическое образование продлили дополнительным восьмым годом, однако для тех, кто успешно сдавал выпускные экзамены, гимназия заканчивалась в текущем году. Вся компания готовилась к экзаменам с тревогой и решимостью, твёрдо намереваясь окончить гимназию. Экзаменационные испытания прошли успешно как для Темы, так и для его товарищей.
