Роман, выполненный в эпистолярной форме, представляет собой главное произведение автора. Главный персонаж — Гиперион, имя которого связано с образом титана, отца бога солнца Гелиоса, что символизирует возвышенность. Действие разворачивается, казалось бы, вне временных рамок, однако указания на восстание в Морее и Чесменское сражение 1770 года позволяют отнести события ко второй половине XVIII века в Греции, находившейся под турецким владычеством.
После пережитых испытаний Гиперион отказывается от участия в борьбе за освобождение своей родины, утрачивает надежду на скорое избавление от ига и осознаёт собственное бессилие. Он выбирает путь отшельника и, благодаря возможности вернуться в Грецию, обосновывается на Коринфском перешейке, откуда ведёт переписку с другом Беллармином, живущим в Германии.
Хотя внешне Гиперион достигает желаемого уединения, созерцательное отшельничество не приносит ему удовлетворения. Природа, с которой он всегда стремился слиться, становится чуждой и непонятной, и он не находит гармонии ни в себе, ни в окружающем мире.
В ответ на просьбы Беллармина Гиперион рассказывает о своём детстве на острове Тинос, о мечтах и надеждах юности, открывая внутренний мир одарённого и чувствительного к красоте подростка.
Большое влияние на формирование взглядов Гипериона оказывает его учитель Адамас, который прививает ему уважение к античной культуре. Вместе они посещают руины великой эпохи, и учитель повествует о доблести и мудрости предков. Прощание с наставником становится для юноши тяжёлым испытанием.
Полный духовного подъёма и стремлений, Гиперион отправляется в Смирну для изучения военного дела и мореплавания. Он полон идеализма и жажды справедливости, но сталкивается с лицемерием и двуличием окружающих, что приводит его в отчаяние. Значимой встречей становится знакомство с Алабандой, который становится близким другом. Их объединяет стремление к освобождению родины и нежелание смириться с рабским положением. Однако подходы друзей расходятся: Алабанда выступает за решительные действия и насилие против угнетателей, тогда как Гиперион настаивает на воспитании людей в духе «теократии красоты». Этот конфликт приводит к разрыву их дружбы.
Пережив очередной кризис, Гиперион возвращается домой, но мир вокруг кажется ему лишённым красок. Он уезжает в Калаврию, где общение с природой пробуждает в нём жизненные силы.
Друг Нотара приводит его в дом, где он встречает свою возлюбленную Диомиту. Она кажется ему воплощением гармонии и красоты, их души соединяются любовью. Диомита убеждена в предназначении Гипериона быть воспитателем народа и вести патриотическую борьбу, при этом она выступает против насилия, даже ради свободы. Гиперион наслаждается счастьем и душевным покоем, но предчувствует трагический исход.
Получив письмо от Алабанды, сообщающее о готовящемся восстании, Гиперион прощается с Диомитой и присоединяется к борцам за освобождение. Он полон надежд, однако терпит поражение, причиной которого становятся не только военная сила турок, но и внутренние противоречия среди соотечественников. Гиперион осознаёт невозможность строить идеал, опираясь на разбойничьи методы: солдаты армии грабят и убивают, и удержать их невозможно.
Убедившись в отсутствии общих ценностей с соотечественниками, Гиперион поступает на службу в русский флот. Его ждёт судьба изгнанника, и даже отец отвергает его. Разочарованный и морально истощённый, он ищет смерти в Чесменском сражении, но остаётся в живых.
Выйдя в отставку, он намеревается начать спокойную жизнь с Диомитой в Альпах или Пиренеях, однако получает известие о её смерти и остаётся безутешным.
После долгих скитаний Гиперион оказывается в Германии, где живёт продолжительное время. Тамошняя реакционная атмосфера и социальная отсталость вызывают у него чувство удушья. В письмах к другу он критически отзывается о ложности общественного порядка, отсутствии гражданской активности, мелочности стремлений и примирённости с реальностью.
Учитель Адамас предсказывал, что подобные Гипериону натуры обречены на одиночество, скитания и вечное недовольство собой.
Сейчас Гиперион живёт в шалаше на острове Саламине, погружённый в воспоминания, скорбит о потерях и несбывшихся идеалах, пытается преодолеть внутренний конфликт и испытывает горькую меланхолию. Он считает, что предал мать-землю, пренебрегая жизнью и дарами любви, которые она даровала. Его удел — созерцание и размышления, он остаётся верен пантеистической идее единства человека и природы.
