В центре незавершённой пьесы представлен образ древнегреческого философа, государственного деятеля, поэта и лекаря Эмпедокла, жившего в V веке до н. э. Действие разворачивается на родине мыслителя — в Агригенте на Сицилии. Весталка Пантея тайно приводит к дому Эмпедокла свою гостью Рею, чтобы та могла издали увидеть выдающегося человека, который ощущает себя богом среди стихий и создаёт божественные песнопения. Именно ему Пантея обязана исцелением от тяжёлой болезни. Она с восхищением рассказывает о мудреце, которому ведомы все тайны природы и человеческой жизни, о его отзывчивости и помощи страждущим, а также о значительном вкладе в благо сограждан. Рея догадывается о влюблённости подруги в философа, и Пантея не скрывает своих чувств. Девушку тревожит мрачное и подавленное состояние Эмпедокла, она предчувствует близкий конец его жизни.
При приближении отца Пантеи — архонта Крития и главного жреца Гермократа — девушки скрываются. Мужчины с злорадством обсуждают судьбу философа: он предал их и заслужил наказание. По их мнению, Эмпедокл слишком возгордился, открыв народу божественные тайны, которые должны были оставаться в ведении жрецов. Его влияние на народ считалось вредным из-за призывов к новой жизни, отказу от традиционных обычаев и верований. Они утверждают, что человек не должен выходить за установленные пределы, и бунт философа обернулся поражением. После того как он удалился от общества, ходили слухи о том, что боги взяли его живым на небо. Народ воспринимал его как пророка и полубога, и теперь его нужно было низвергнуть, изгнать из города, показав согражданам его сломленный дух и утрату прежних дарований, чтобы вернуть их против него.
Эмпедокл страдает от внутреннего конфликта: гордыня погубила его, бессмертные отвернулись за попытку стать равным им. Он ощущает бессилие и опустошённость — хотя покорил природу и познал её тайны, окружающий мир потерял для него красоту и значимость, всё кажется мелочным и неважным. Философ остаётся непонятым соотечественниками, несмотря на их почитание, ему не удалось поднять их до уровня своих идей.
Ученик Павсаний пытается поддержать наставника, убеждая, что тот лишь устал, и не может быть речи о поражении, поскольку философ вдохнул в государство разум и смысл. Однако Эмпедокл остаётся безутешен. Гермократ и Критий приводят жителей Агригента, чтобы те увидели поверженного кумира и его страдания. Философ вступает в спор с Гермократом, обвиняя его и жреческую братию в лицемерии и фальши. Народ не понимает сложных рассуждений, всё больше склоняясь к мысли о помешательстве Эмпедокла. Гермократ утверждает о ниспосланном проклятии богов и опасности общения с отвергнутым ими человеком. Философ приговаривается к изгнанию. В прощальной беседе с Критием он советует тому покинуть город ради дочери, прекрасной как божество, которая зачахнет в Агригенте.
Покидая родной дом, Эмпедокл освобождает рабов, разрешая им взять с собой всё, что им приглянется, и призывает избегать порабощения. Пантея, возмущённая несправедливостью, приходит попрощаться, но философа уже нет. Эмпедокл и Павсаний, преодолев горные тропы, просят приюта в крестьянской хижине, но хозяин, узнав их, прогоняет с проклятиями. Павсаний расстроен, а философ утешает его, уже решив посвятить себя возвращению к «отцу-эфиру» и растворению в природе.
Раскаявшиеся жители Агригента догоняют изгнанника, предлагая почёт и царский престол, но он остаётся непреклонным: после всех насмешек и гонений отвергнув общество людей, он не намерен жертвовать своей душой и убеждениями. Гнев народа обращается на главного жреца, который лишил их покровительства посланника богов, не желая терпеть чужое превосходство. Эмпедокл призывает прекратить распри, обращаясь к согражданам с просьбой к светлому содружеству в труде и познании мира, к созданию новых форм общественного устройства. Его же судьба — вернуться в природу и смертью утвердить начало нового рождения.
Прощаясь с Павсанием, философ гордится воспитанным учеником, видя в нём наследника. Оставшись один, он бросается в огнедышащий кратер Этны, чтобы сгореть в пламени. Узнав от Павсания о случившемся, Пантея потрясена: человек, выбравший такой конец, проявил бесстрашие и подлинное величие.
