Трагедия начинается с трёх вводных текстов. В первом выражается лирическая благодарность друзьям молодости, с которыми автор был связан в начале работы над произведением, но которые либо ушли из жизни, либо находятся далеко. Следующим идёт «Театральное вступление», в котором в диалоге между Директором театра, Поэтом и Комическим актёром обсуждаются вопросы художественного творчества: должно ли искусство угождать публике или оставаться верным своему высокому предназначению, как совместить истинную поэзию и успех. Здесь, как и в посвящении, звучит мотив быстротечности времени и утраты вдохновения юности. В конце Директор призывает действовать решительнее и сообщает, что Поэт и Актёр имеют в распоряжении все ресурсы театра, сравнивая его с мирозданием, где можно пройти все уровни — от небес до ада.
Далее в «Прологе на небе» появляются Господь, архангелы и Мефистофель. Архангелы славят деяния Бога, но умолкают при появлении Мефистофеля, который, обращаясь к Богу с иронией и скепсисом, вступает в спор относительно человека Фауста. Бог приводит Фауста как пример своего усердного слуги, а Мефистофель соглашается с тем, что учёный полон стремлений и противоречий. Бог разрешает Мефистофелю испытывать Фауста всякими искушениями, веря, что тот сможет выйти из испытаний, а Мефистофель обещает заставить его пасть. Так начинается грандиозная борьба добра и зла.
Главный герой проводит ночь в своей комнате, где за долгие годы постижения науки и магии он достиг всех земных знаний, но остался неудовлетворённым и измученным внутренней пустотой. Он осознаёт ограниченность научного познания и тщету своих усилий. Его раздражает Вагнер, помощник и педант, который с наивной уверенностью утверждает, что человек уже может постичь все тайны. Фауст, устав от разочарования, готов покончить с жизнью, но в момент, когда он собирается выпить яд, звучит колокольный звон и пасхальное пение, спасая его от самоубийства.
На следующий день вместе с Вагнером Фауст участвует в пасхальном народном празднике. Его уважают за врачебные заслуги, он не боялся лечить больных во время эпидемий, но это признание не приносит ему радости. Во время прогулки к ним присоединяется чёрный пудель, которого Фауст приводит домой. Пытаясь преодолеть внутренний кризис, он начинает перевод Нового Завета, останавливаясь на понимании слова «логос» как «дело», а не просто «слово». Однако пудель превращается в Мефистофеля, который впервые предстает перед Фаустом в облике странствующего студента.
Мефистофель называет себя частью силы, которая творит добро, желая зла всему, и с иронией рассуждает о человеческих слабостях и терзаниях Фауста. После исчезновения и последующего появления в ярком наряде он предлагает Фаусту насладиться жизнью. Если Фауст попросит остановить этот миг наслаждения, он станет рабом Мефистофеля. Они заключают сделку кровью и отправляются в путешествие на плаще дьявола.
Основное действие разворачивается на фоне борьбы между землёй, небом и адом, где Бог и дьявол выступают главными режиссёрами, а их помощниками — духи, ангелы, ведьмы и бесы. Мефистофель предстает обаятельным искусителем с хромотой и яркой одеждой, а Фауст — молодым, полным энергии и решимости познать все тайны жизни после приёма зелья ведьмы, возбуждающего кровь.
Первым искушением становится встреча с Маргаритой (Гретхен), молодой, невинной девушкой из бедного городка, которая несёт на себе груз семейных забот и утрат. Между ними вспыхивает страсть, а Мефистофель помогает Фаусту завоевать её любовь, усыпляя материнскую бдительность. Маргарита символизирует земную чистоту и правду, которые привлекают героя. Однако их любовь приводит к трагедии. Брат Маргариты, Валентин, сталкивается с Фаустом и Мефистофелем, в результате чего Фауст убивает Валентина. Это вызывает проклятие и позор для Маргариты. Она случайно убивает мать, родив от Фауста ребёнка, которого потом топит, и оказывается в тюрьме, ожидая казни.
В то время как Маргарита страдает, Фауст вместе с Мефистофелем отправляется на гору Брокен, где в Вальпургиеву ночь начинается шабаш ведьм — буйство нечистой силы и разврата. Фауст, не испытывая страха, участвует в пляске с одной из ведьм, но замечает в тени заточённую Маргариту и требует её освобождения. Мефистофель обещает помочь проникнуть в тюрьму, и они мчатся обратно в город.
Их последнее свидание наполнено трагизмом. Маргарита, потеряв рассудок от страданий и позора, не узнаёт Фауста, но постепенно осознаёт его и просит не вести её на казнь. Она признаётся в грехах — убийстве матери и утоплении ребёнка — и оставляет завет о том, чтобы Фауст выкопал три могилы для её близких и себя. Несмотря на уговоры Фауста бежать, Маргарита отказывается, осознавая свою судьбу. Мефистофель уводит Фауста, оставляя девушку в тюрьме, но голос свыше заявляет, что она спасена, поскольку предпочла мученическую смерть и раскаяние дьявольскому бегству.
Во второй части Фауст просыпается на зелёном лугу, исцелённый лесными духами. Он осознаёт, что стремление к недостижимому может разрушить человека, и предпочитает образ радуги — символ изменчивости и постоянства. Обновлённый, он продолжает путь познания.
Мефистофель приводит Фауста ко двору императора, где царит финансовый кризис. Используя обман с ценными бумагами, он решает проблему пополнения казны, распространяя акции, залогом которых служат недра земли. Временная эйфория сменяется балом, на котором Фауст знакомится с образами Париса и Елены — воплощением мужской и женской красоты. Несмотря на критику присутствующих, Фауст ощущает в Елене идеал красоты, но её образ рассеивается, и герой падает в забытье.
Погружённый в поиски Елены, он возвращается в свою лабораторию, где встречает Вагнера, создающего искусственного человека — Гомункула, страдающего от внутреннего раздвоения. Позже Фауст находит Елену, с которой у них рождается сын Эвфорион, обладающий гениальностью и стремящийся участвовать в земных битвах. Его стремление к борьбе приводит к ранней смерти, а Елена прощается с Фаустом, признавая несовместимость счастья и красоты. Фауст остаётся с её одеждами, символизирующими бренность красоты.
Вернувшись в средневековье, Фауст отвергает предложенные Мефистофелем пути к славе и рассказывает о своём плане построить плотину, чтобы отвоевать у моря плодородную землю. Однако на месте будущей стройки живут старики Филемон и Бавкида, которые не хотят покидать свои дома. В нетерпении Фауст просит помощи у дьявола, что приводит к гибели стариков и незнакомца, а также к сожжению их жилья. Испытывая горечь от этой трагедии, Фауст осознаёт, что предлагал мир, а получил насилие.
Старея и слепнув, герой ощущает приближение конца. Несмотря на тьму, он слышит звуки работы и полон радости, понимая, что цель близка. Он отдаёт последние распоряжения рабочим, не подозревая, что на самом деле вокруг него роются злые духи, копающие могилу. В своём последнем монологе Фауст выражает понимание, что истинное счастье и свобода достигаются через общее дело, полезное для всех, а не через власть, богатство или личные удовольствия. Он переживает свой высший момент, но смерть наступает внезапно.
Мефистофель ожидает получить душу Фауста, но в последний момент ангелы уносят её, причиняя дьяволу ярость и отчаяние. Душа героя спасена благодаря искреннему раскаянию и стремлению к высшему смыслу. В загробном мире душа Фауста встречается с душой Маргариты, которая становится его проводником в иной мир.
Произведение было завершено автором незадолго до его смерти и сопровождало его в течение всей жизни, отражая глубокие философские искания и борьбу человеческого духа.
