Роман продолжает сюжет «Годов учения Вильгельма Мейстера», в котором главный герой, ставший членом Общества башни (Отрекающихся), получает задание отправиться в путешествие. Ему предписано не задерживаться более трёх дней в одном месте и постоянно отдаляться от предыдущего убежища не менее чем на милю, чтобы избежать «соблазна оседлости». Цель странствий заключается в глубоком познании мира, поиске окончательного жизненного призвания и содействии установлению благородных нравственных отношений между людьми. В пути Вильгельма сопровождает его сын Феликс. Временно разлучённый с Наталией, он сохраняет к ней вечную привязанность и излагает свои переживания в регулярных письмах.
Начало романа знаменуется встречей Вильгельма с необычной семьёй — мужем, женой и детьми. Мужчина ведёт осла, а женщина, укутанная голубым плащом, держит на груди новорождённого и смотрит на него с глубокой нежностью. Этот образ святого семейства подчёркивает универсальный и обобщённый характер повествования, отличающийся от более конкретного сюжета предыдущей части, развивавшегося в условиях современной Германии. В отличие от «Годов учения», здесь отсутствует единый сюжет, роман состоит из ряда практически несвязанных новелл.
Такая свободная композиция, сочетающая прозу, поэзию и афоризмы, а также открытый финал с ремаркой «Продолжение следует», предоставляет автору возможность выразить свои наиболее глубокие и сложные размышления, накопленные за всю жизнь. Мировоззрение героя утратило прежний трагизм и эгоцентризм, характерные для юности. Обретший личное счастье, сына и единомышленников, Вильгельм предстает опытным человеком, принимающим многообразие и полноту бытия. Он становится не противником мира, а борцом за его разумное и гуманное устройство, обнаруживая разумные начала в основе сущего, что придаёт роману глубокий оптимизм. Встреча с астрономом, показывающим звёздное небо, пробуждает у героя мысли о соотношении человека и Вселенной, о необходимости сосредоточения духовных сил внутри себя и о чуде человеческой способности преобразовывать жизненный опыт в полезные действия.
Персонажи и истории, представленные в романе, символизируют идею бережного создания более совершенного общественного уклада. Через всё повествование проходит образ ясновидящей Макарии — женщины, несущей духовную силу и альтруизм, подобно друзьям Мейстера из Общества башни, отказавшимся от эгоизма и корысти. Служение человечеству, помощь людям и утверждение нравственных начал становятся смыслом жизни героев.
Некоторые новеллы напоминают образ «новых людей» Чернышевского — персонажи свободны от эгоизма, способны преодолевать страсти и трудности. В новелле «Пятидесятилетний мужчина» раскрывается сложная эмоциональная ситуация: Гилария, предназначенная с детства выйти замуж за двоюродного брата Флавио, осознаёт, что любит его отца, майора-вдовца. Взаимные чувства рождаются и у майора, и у молодой вдовы, в которую влюблён Флавио. Несмотря на переплетение страстей, герои сохраняют благородство и деликатность, не поддаваясь злобе и ревности, таким образом демонстрируя иной подход к жизненным сложностям.
Новелла «Новая Мелузина» представляет фантастическую историю о прекрасной незнакомке, которую рассказчик встречает в роскошной карете. Она доверяет ему свой ларец и просит заботиться о нём, взамен предоставляя средства к существованию. Позже выясняется, что женщина — принцесса эльфов, чья жизнь проходит в ларце, и лишь изредка она принимает человеческий облик. Для спасения своего народа ей нужен верный рыцарь, и рассказчик сначала соглашается принять облик эльфа, но не выдерживает испытания и покидает волшебный лес. Этот опыт глубоко меняет его восприятие жизни.
Образ волшебного ларца и ключа, открывающего его, пронизывает весь роман, символизируя мудрость, человеческую душу и природу, открывающиеся лишь при должном подходе и подготовке.
Афоризм ясновидящей Макарии, завершающий подборку романа, гласит: «Что такое трагедии, как не переложенные в стихи страсти тех, кто из внешних обстоятельств делает бог весть что?» Особое значение уделено теме воспитания. Феликса направляют в Педагогическую провинцию — созданную автором социальную утопию, где образование направлено на формирование общественно зрелой личности с чувством собственного достоинства и уважением к миру. Наставники помогают ученикам следовать своей природе, сокращая пути, на которых легко можно заблудиться и отклониться от призвания.
Таким образом, в романе взаимодействуют две взаимосвязанные темы: нравственное самосовершенствование личности и воспитание коллективного сознания, развитие общественных навыков и чувства единства. Важным афоризмом, содержащимся в «Архиве Макарии», является утверждение ценности каждого прожитого дня. Герои стремятся полноценно реализовать своё предназначение, действуя решительно и одновременно мудро. Примером служит намерение группы ткачей эмигрировать в Америку из-за угрозы разорения от новых промышленных отношений. Вначале Вильгельм собирается покинуть страну, но затем решает остаться, чтобы создать образцовую трудовую колонию, что отражает утопические поиски автора в сфере общественного устройства.
По итогам долгих поисков главный герой выбирает профессию хирурга, стремясь творить «чудо без чудес», опираясь на знания и опыт. Важную роль в овладении мастерством сыграл скульптор, который научил Вильгельма воспринимать анатомию не через расчленение, а через конструирование и оживление, что стало символом его отношения к природе и человеку.
В последних главах описан драматический эпизод, когда Феликс падает с кручи в реку вместе с конём. Его спасают гребцы, но молодой человек не подаёт признаков жизни. Вильгельм немедленно приступает к оказанию помощи, после чего Феликс приходит в сознание и с радостным восклицанием подтверждает свою привязанность к отцу: «Если жить, так с тобою!»
