В старом замке, расположенном на берегу озера, проживают барон и баронесса, чьё счастье кажется полным, несмотря на то, что оно пришло к ним в зрелом возрасте. Эдуард с юных лет испытывал любовь к Шарлотте, однако вынужден был по воле родителей вступить в брак с богатой женщиной значительно старше себя. Шарлотта также вышла замуж под давлением обстоятельств. После смерти их супругов Эдуард и Шарлотта смогли соединиться и решили покинуть придворную жизнь, отправившись в сельскую местность, чтобы жить вместе в уединении. С этой целью Шарлотта отправила дочь от первого брака Люциану и сироту-племянницу Оттилию в пансион.
Их дни были наполнены разнообразными занятиями — они приводили в порядок заброшенный парк, улучшали хозяйство, вели продолжительные разговоры, Эдуард осваивал игру на флейте, а Шарлотта, искусная пианистка, аккомпанировала ему. Кроме того, предстояло изучение путевых записей Эдуарда, сделанных в прошлых путешествиях. Таким образом, жизнь супругов протекала в гармонии и взаимопонимании.
Однако лёгкая тень омрачала эту идиллию, когда мысли обращались к близким. Эдуарда тревожила судьба старого друга — капитана, утратившего службу. С некоторой неуверенностью он предложил жене пригласить капитана в замок, чтобы тот мог применить свои строительные навыки. Шарлотта, хотя и осознавала, что их жизнь усложнится, согласилась. Она также переживала за Оттилию, получая письма из пансиона, где воспитывался ребёнок. В них сообщалось, что Люциана успешно училась и властвовала среди сверстников, тогда как Оттилия, скромная и тихая, страдала от насмешек, в том числе со стороны Люцианы, и с трудом усваивала школьные знания. Шарлотта склонялась к решению забрать Оттилию из пансиона и поручить ей хозяйственные обязанности в замке, с намерением вернуть её в учебное заведение после ухода Люцианы в светскую жизнь.
Первым гостем супругов стал капитан, чьё появление внесло в дом оживление, но также вызвало некоторое отдаление Эдуарда от Шарлотты. Старые друзья проводили время в воспоминаниях, охоте, осмотре владений и покупке лошадей. Тем не менее, все трое стремились сохранить атмосферу любви, дружбы и покоя. Во время одного из их совместных чтений вслух, которым особенно увлекался Эдуард, возник разговор о взаимном притяжении и отталкивании химических элементов, их способности к соединению и распаду с образованием новых сочетаний, что получило название «избирательное сродство» — тема, оказавшаяся пророческой для дальнейших событий.
Со временем в замок приезжает Оттилия, которую Эдуард помнил с детства. Она предстала перед ними как очаровательная и сердечная девушка, быстро преодолевшая прежнюю застенчивость. Постепенно в сердцах четырёх героев происходят сложные внутренние изменения: Эдуард охватывается взаимной страстью к Оттилии, а капитан и Шарлотта также влюбляются друг в друга. Тем не менее ситуация остаётся далёкой от разрешения. Шарлотта не готова разрушить брак и устоявшийся образ жизни. Капитан, получив выгодное предложение о службе, по её просьбе покидает замок. Шарлотта склоняется к идее отправить Оттилию обратно в пансион, но Эдуард категорически против. Он уходит из замка и поселяется в уединённом доме, переживая глубокую тоску. Там он получает известие, которое разрушает его надежды на воссоединение с Оттилией: Шарлотта сообщает о своей беременности. В отчаянии он отправляется на войну, желая смерти, так как жизнь кажется невыносимой. Оттилия, узнав о тайне Шарлотты, также глубоко потрясена и замыкается в себе, обращаясь к своему дневнику.
Пока Эдуард находится на войне, в замке царит беспокойство из-за двухмесячного визита Люцианы с женихом и свитой, что приводит к многочисленным светским развлечениям и выводит Оттилию из её сосредоточенности, словно пробуждая. После отъезда Люцианы на свет появляется ребёнок у Шарлотты — мальчик, поразительно похожий одновременно на Эдуарда, капитана и Оттилию. Вероятно, так случилось из-за того, что в ночь последней близости супруги тайно думали о своих возлюбленных, а не друг о друге. Малыш становится особенно дорог для Шарлотты и Оттилии. Однако радость омрачает печальный случай: во время крещения умирает старый пастор. Этот эпизод символично отражает основные темы романа — рождение и смерть, гроб и колыбель, напоминая о вечности, Боге и внутренней природе человека. Главные герои воспринимают жизнь как таинство и дар, ощущая себя частью природы, наделённой разумом и творческой волей, что даёт им нравственную силу преодолевать эгоизм и становиться духовно зрелее, проявляя отзывчивость к другим. Среди второстепенных персонажей присутствуют близкие им люди, например молодой архитектор и учитель из пансиона, а также чуждые, как граф и баронесса, живущие в свободном союзе, и Люциана с её эгоистичным характером, а также сосед Митлер, специалист по урегулированию любовных дел.
Вернувшись с войны обновлённым, Эдуард полон решимости соединиться с Оттилией. Он приглашает капитана, уже получившего чин майора, убеждая его жениться на Шарлотте и способствовать общему счастью. Оба друга отправляются в замок. Первое после разлуки свидание Эдуарда с Оттилией происходит у озера, где он находит её с ребёнком. Их разговор возвращает девушке надежду. В тот же вечер происходит трагедия: Оттилия спешит домой, лодка переворачивается, и ребёнок тонет. Потрясённая происшествием, она в душе отвергает Эдуарда и решает вернуться в пансион, чтобы посвятить себя педагогической деятельности. Её собираются отправить в путь, и ночлег ей предстоит провести в придорожной гостинице. Эдуард стремится к ней, чтобы убедить изменить решение. Второе свидание оказывается судьбоносным, так как внезапно для хрупкой Оттилиии. Чтобы справиться с эмоциями, она даёт обет молчания и с тех пор не произносит ни слова. Она засыпает в одежде, а утром с помощью жестов просит вернуть её в замок. Эдуард сопровождает её, почти безумный от горя.
В последних страницах романа царит светлая печаль. Герои снова живут под одной крышей. Майор время от времени приезжает в гости. Шарлотта обещает выйти за него замуж, как только Оттилия согласится на брак с Эдуардом. Девушка спокойна и весела, но перестаёт прикасаться к пище, что вскоре становится известно, так как она просит приносить еду в комнату. Эдуард постоянно находится рядом с ней, испытывая благоговение и не осмеливаясь прикоснуться, а Оттилия испытывает сходные чувства, не в силах отказаться от этой особой близости. Они воспринимают жизнь как загадку, решение которой находят лишь вместе. Тихий осенний пейзаж служит фоном их прощальному счастью.
За день до дня рождения Эдуарда силы Оттилиии начинают угасать. Последней каплей становится бестактный разговор Митлера, обсуждавшего в её присутствии заповедь о прелюбодеянии. Она тихо уходит в свою комнату, и вскоре раздаётся крик служанки. Друзья находят её умирающей. Перед смертью она обращается к Эдуарду с полными неземной нежности словами, прося его жить. Через несколько дней после похорон Эдуард также умирает. Шарлотта устраивает ему место рядом с Оттилией и запрещает хоронить кого-либо в этом склепе.
