Восемнадцатилетний Калеб Уильямс, обладающий необычайной сообразительностью и образованностью, после смерти родителей, бедных крестьян, проживавших на землях богатого помещика Фердинанда Фокленда, становится секретарём последнего. Странное и замкнутое поведение Фокленда, перемежающееся мрачными раздумьями и вспышками гнева, вызывает у Калеба подозрение, что его хозяина терзает некая тайна. Главной движущей силой в жизни юноши было любопытство, и оно побуждало его искать причины и скрытые мотивы происходящего, стремясь понять источник мучений Фокленда.
По просьбе Калеба управляющий поместьем Коллинз рассказывает ему печальную историю Фокленда. В молодости тот вдохновлялся романтическими амбициями и рыцарскими подвигами, проявляя храбрость и благородство во время путешествий по Италии. Вернувшись в Англию, он поселился в своем родовом имении, где встретил своего злейшего врага — соседа Барнабу Тиррела. Тиррел, человек большой физической силы, грубый и деспотичный, привык безраздельно господствовать в местном обществе, и появление Фокленда, обладавшего умом и мужеством, изменило расклад сил. Фокленд стал центром общественной жизни, вызывая у Тиррела ещё большую ненависть. Попытки Фокленда примириться с соседом лишь усилили вражду.
Желая отомстить, Тиррел решил выдать замуж свою бедную родственницу, мисс Эмили Мельвиль, за подхалимского Граймза, но Эмили отвергла предложение, так как была влюблена в Фокленда, спасшего её от гибели при пожаре. После того как Граймз, по наущению Тиррела, попытался её оскорбить, Фокленд вновь пришёл на помощь, что лишь разжегало ненависть Тиррела. Последний заключил Эмили в тюрьму по ложному обвинению в долге, и в тюрьме девушка, подорвавшая здоровье от постоянных преследований, скончалась, несмотря на усилия Фокленда спасти её. После смерти Эмили местное общество отвернулось от Тиррела, который, оскорблённый и униженный, не раскаялся и на публичном собрании жестоко избил Фокленда. Его изгнали, а вскоре неподалёку нашли тело Тиррела с кровавыми следами. Суд, на котором Фокленд выступил с убедительной речью, признал его невиновным; убийцей сочли Хоукинса, бывшего арендатора Тиррела, имевшего личную неприязнь к нему. По найденным уличающим доказательствам Хоукинс и его сын были повешены.
Коллинз завершается рассказом, отмечая, что эти события глубоко повлияли на Фокленда: он ушёл в себя, стал отшельником, хотя сохранил доброту, но был холоден и сдержан, а его мрачное настроение временами сменялось приступами ярости, порой напоминавшими безумие. Рассказ управляющего сильным образом воздействует на Калеба, и он начинает тщательно анализировать детали истории, приходя к выводу, что Хоукинс не мог быть убийцей. Обнаруженное им письмо Хоукинса к Фокленду, выражающее симпатию и попытки спасти арендатора, укрепляет его сомнения. Возникает подозрение, что истинным убийцей является сам Фокленд.
Калеб начинает следить за хозяином, внимательно наблюдая за его поведением и стараясь в разговорах подвести его к признанию. Любопытство перерастает в навязчивую идею, и юноша теряет осторожность, открыто ведя с Фоклендом опасную игру, задавая тонко продуманные вопросы и делая якобы случайные намёки, доводя его почти до безумия. В конце концов Фокленд признаётся, что действительно убил Тиррела и стал причиной гибели невинных Хоукинсов. Он предупреждает Калеба о грядущей расплате за чрезмерное любопытство, обещая не увольнять его, но сохраняя ненависть, и угрожая последствиями в случае разглашения тайны.
Юноша осознаёт, что стал пленником Фокленда. За время службы он духовно вырос, научился контролировать чувства и волю, развил проницательность, но утратил беззаботность и жизнерадостность. Преклоняясь перед достоинствами хозяина, он понимает, насколько опасен человек, вынужденный признаться в преступлении. Отношения между ними меняются: теперь Фокленд пристально следит за Калебом, что вызывает у последнего чувство удушающей несвободы.
В поместье приезжает Валентин Форстер, старший брат Фокленда по матери, симпатизирующий Калебу. Юноша намекает ему на тяготы службы, просит заступничества в случае преследований. Форстер догадывается о желании Калеба освободиться от власти Фокленда и требует прекратить с ним общение. Услышав угрозы со стороны хозяина, Калеб решает бежать. Форстер посылает за ним слугу с письмом, убеждающим вернуться, и Калеб возвращается, но Фокленд обвиняет его в краже значительной суммы, предъявляя подложные доказательства. Калеб арестован и помещён в тюрьму, откуда сбегает лишь со второй попытки.
Он едва не погибает от рук разбойников, но их предводитель Раймонд, обладающий благородством, спасает его и берёт под защиту. Злобного и алчного Джайнса, ранее ограбившего Калеба, изгоняют из шайки. Калеб живёт среди разбойников в лесных развалинах, где хозяйничает старая женщина, которую местные считают ведьмой. Она ненавидит Калеба за изгнание Джайнса и пытается выдать его властям. Понимая опасность, юноша покидает шайку, переодевается нищим и пытается уехать в Ирландию, но его захватывают сыщики, ошибочно приняв за преступника, и он вновь едва не попадает в тюрьму.
Переехав в Лондон, Калеб меняет внешность, представляясь бедным, увечным еврейским юношей, и зарабатывает литературным трудом. Однако Джайнс, вернувшийся к работе сыщика, выслеживает его, и Калеб оказывается в той же тюрьме, откуда бежал. В отчаянии он заявляет, что невиновен, а Фокленд умышленно обвинил его в воровстве. Впервые Калеб называет Фокленда преступником и убийцей, но судьи, опасаясь обвинить богатого джентльмена, отказываются слушать. Когда на слушание не явились ни Фокленд, ни Форстер, Калеб освобождается.
Фокленд, который с помощью Джайнса постоянно следил за Калебом, предлагает ему сделку: подписать документ, подтверждающий его невиновность, и тогда тот останется в покое. Калеб, уставший от преследований, отказывается, не желая быть инструментом несправедливости. К удивлению юноши, Фокленд не пытается вновь заключить его в тюрьму и даже передаёт через слугу деньги.
Калеб уезжает в Уэльс, где живёт в небольшом городе, занимаясь ремонтом часов и преподаванием математики. Однако и там его постигает месть Фокленда: внезапно все друзья отворачиваются, и он остаётся без работы. Покидая Уэльс с намерением отправиться в Голландию, Калеб снова оказывается под наблюдением Джайнса, который сообщает, что Фокленд применит крайние меры, если он попытается покинуть пределы Англии. Калеб скитается по стране, не находя покоя, и решает обнародовать правду о своих страданиях и виновнике несчастий. Он приезжает в город Фокленда, обращается к судье, называет себя и требует возбуждения дела против бывшего хозяина.
Судья с неохотой соглашается провести частное расследование в присутствии Фокленда и нескольких джентльменов. Калеб произносит страстную речь, в которой восхваляет благородство и ум Фокленда, корит себя за молчание и признаёт, что, несмотря на преступление, Фокленд был движим мщением за пережитое унижение и продолжал творить добро, заслуживая уважение. Он считает себя недостойным обвинителем такого человека, вынужденного преследовать бывшего слугу.
Фокленд потрясён, признаёт поражение, проявленное Калебом благородство и собственную неспособность оценить его по достоинству. Он открыто признаётся в убийстве и умирает через три дня. Калеб, охваченный отчаянием, считает, что разоблачение не принесло ему избавления от страданий и мучает себя чувством вины, ощущая себя виновником смерти Фокленда. В своих записках он с горечью осуждает общество, которое называет «заболоченной и прогнившей почвой», поглощающей благородство. Записки завершаются апологией Фокленда и надеждой на полное понимание его истории.
