В неопределённое время после предполагаемого ядерного взрыва группа подростков, направлявшихся на эвакуацию, оказывается на необитаемом острове. Первоначально на берегу встречаются Ральф и мальчик с прозвищем Хрюша, который носит очки. Обнаружив большую морскую раковину, они применяют её в качестве сигнального рога и собирают всех остальных детей, чей возраст варьируется от трёх до четырнадцати лет. Последними прибывают члены церковного хора под руководством Джека Меридью. По предложению Ральфа проводится голосование на выбор лидера, в котором он одерживает победу над Джеком. Джек получает роль главного охотника, руководящего хористами.
Небольшая группа, состоящая из Ральфа, Джека и хрупкого Саймона, отправляется на разведку, чтобы удостовериться, что они действительно находятся на острове. Хрюшу, несмотря на его просьбы, с собой не берут. Поднимаясь на гору, мальчики испытывают чувство единства и восхищения. По пути они встречают поросёнка, запутавшегося в лианах; Джек пытается убить его, но останавливается, осознавая, что ещё не готов к этому. Свинья убегает, а Джек сожалеет о своей нерешительности и обещает в следующий раз быть решительнее.
Вернувшись в лагерь, Ральф организует собрание и разъясняет необходимость самостоятельного принятия решений. Он предлагает установить порядок выступлений, давая слово только тому, кто держит раковину-«рог». Дети пока не боятся того, что спасение может задержаться, и с энтузиазмом предвкушают жизнь на острове. Внезапно младшие мальчики выводят вперёд худощавого ребёнка с родимым пятном, который утверждает, что ночью видел зверя — змея, который к утру оказался лишь лианой. Несмотря на сомнения остальных, Джек обещает обследовать остров на предмет змей, а Ральф утверждает, что никакого зверя нет.
Ральф убеждает ребят в том, что их обязательно спасут, если на вершине горы будет поддерживаться большой костёр, видимый с моря. Совместными усилиями они разжигают огонь с помощью очков Хрюши, а за поддержание костра отвечают Джек и охотники. Однако вскоре становится ясно, что никто не стремится к серьёзной работе: только Ральф и Саймон продолжают строить укрытия, тогда как охотники, поглощённые охотой, забывают о костре. Из-за этого проплывающий мимо корабль не замечает ребят, что становится причиной первой серьёзной ссоры между Ральфом и Джеком. Джек, только что убивший свою первую свинью, расстраивается из-за отсутствия признания, но признаёт справедливость упрёков. В порыве злости он разбивает очки Хрюши и дразнит его. Ральфу удаётся восстановить порядок и сохранить своё лидерство.
Для поддержания дисциплины Ральф собирает новое собрание, осознавая важность чёткой и последовательной речи. Он вновь напоминает о необходимости соблюдать установленные правила, уделяя особое внимание устранению страха среди младших ребят. Когда Джек впервые произносит слово «зверь», это вызывает тревогу у остальных. Хрюша пытается убедить, что страха и зверя нет, если не пугать друг друга, но дети не готовы этому поверить. Персиваль Уимз Медисон добавляет смятение, заявляя, что зверь выходит из моря. Лишь Саймон понимает, что «зверь» — это, возможно, часть самих мальчиков.
На этом собрании Джек отказывается подчиняться правилам и заявляет о намерении выследить зверя самостоятельно. В результате группа разделяется на два лагеря: сторонников порядка и разума (Ральф, Хрюша, Саймон) и приверженцев силы и насилия (Джек, Роджер и охотники). Тем же вечером близнецы Эрик и Сэм сообщают о видении зверя, и мальчики начинают поиски на острове. Позже Ральф, Джек и Роджер на горе принимают за зверя труп парашютиста, застрявший на деревьях, и в страхе убегают.
На очередном собрании Джек обвиняет Ральфа в трусости и предлагает себя в качестве вождя, но не получает поддержки и покидает лагерь. Постепенно Ральф и Хрюша замечают, что количество детей в их лагере сокращается, поскольку многие переходят к Джеку. Саймон, предпочитающий уединение на лесной поляне, становится свидетелем охоты на свинью. Охотники вешают голову убитого животного на кол, покрытую мухами, называя её «Повелителем мух». Это символизирует зло и страх, проникающие в души мальчиков. Голова словно говорит, что является неотделимой частью каждого из них.
Позже охотники во главе с Джеком совершают набег на лагерь, чтобы захватить огонь. Они красят лица глиной, что помогает им безнаказанно проявлять жестокость. Захватив огонь, Джек приглашает всех присоединиться к своему отряду, обещая свободу и еду. Ральф, Хрюша и другие, испытывая голод, идут к Джеку, где он вновь призывает к вступлению в своё воинство. Ральф противостоит ему, напоминая о своём демократическом избрании. В ответ Джек устраивает первобытный танец с призывом «Зверя бей! Глотку режь!». В этот момент появляется Саймон, который пытается рассказать о том, что зверя нет, но в темноте его принимают за чудовище и убивают во время ритуального танца.
Племя Джека обосновывается в укреплённом месте на скале, напоминающей крепость, где они сбрасывают камни на противников. Между тем Ральф из последних сил поддерживает костёр — единственную надежду на спасение. Джек тайно проникает в лагерь и крадёт очки Хрюши, необходимые для разведения огня. Ральф, Хрюша и близнецы отправляются к Джеку, чтобы вернуть очки, но сталкиваются с враждебностью. В ходе конфликта близнецы попадают в плен, Ральфа ранят, а Хрюшу убивают камнем, сброшенным с крепости. Рог, символ демократии, оказывается разрушенным. Власть переходит от Джека к Роджеру, олицетворяющему животную жестокость.
Ральфу удаётся скрыться, он осознаёт, что раскрашенные воины не остановятся ни перед чем. Попытки переманить Эрика и Сэма на свою сторону оказываются безуспешными, они лишь предупреждают о предстоящей охоте на Ральфа. Он просит их отвлечь охотников подальше от своего укрытия, но страх побеждает, и близнецы выдают его Джеку. Ральфа выгоняют из леса, не позволяя спрятаться. В отчаянии он бежит по острову и неожиданно встречает морского офицера. Тот упрекает мальчиков за беспорядок и поражён гибелью двоих из них. Воспоминания офицера о начале происшествий на острове сводятся к образу «Кораллового острова» — символа утраченной невинности.
