Роман состоит из пяти частей, каждая из которых посвящена одной из казней Господних, описанных пророком Иезекиилем. Первая часть, «Притча о потерянном брате», рассказывает о второй казни — голоде, происходящем в голодной Украине 1933 года во времена коллективизации. В сельской чайной девочка-нищенка Мария пытается выпросить еду, но её игнорируют, за исключением еврейского мальчика Дана, который делится с ней хлебом изгнания. Местные жители возмущаются его поступком и отбирают хлеб у Марии. Дан, являющийся Антихристом и братом Христа-Мессии, через пророческие откровения общается с Господом, пославшим его в Россию за ложь и отречение народа от Него. Мария вместе с младшим братом Васей возвращается в деревню, где мать решает разделить детей и уехать на заработки. В городе дети снова получают хлеб от Дана, но мать отвергает его, считая чуждым. Позже милиционер не позволяет им просить милостыню. Брошенные дети попадают в приёмник, где Мария подвергается насилию со стороны проводника, который затем исчезает. После пребывания в приюте девочку увозят из города, но она сбегает и бродит по зимнему полю, испытывая духовное просветление. Она находит старшую сестру Ксению, проживает у неё около года, но после семейных конфликтов возвращается в деревню, где её также никто не принимает. Вновь плача от несправедливости, Мария встречает Дана и объясняет свои слёзы тем, что евреи убили Сына Божьего, а её брат остался на земле. Затем она переезжает в Керчь к матери, которая вскоре умирает, и Мария становится портовой проституткой. Встретив Дана снова, она платит ему любовью за хлеб, который он ей даёт. Осуждённая за проституцию, Мария рожает в тюрьме сына Васю и умирает в 1936 году.
Вторая часть начинается с рассуждений о подражании Господу и отмечает, что евреи не лучше и не хуже других народов, но выделяются своими пророками. В «Притче о муках нечестивцев» повествуется о девочке Аннушке из Ржева, живущей с матерью и братьями. Один из братьев погибает по вине сестры. Когда воры приходят к Аннушке, она указывает на невиновного человека, который затем оказывается в тюрьме. Мать получает новую квартиру, где живёт Аннушка, в бывшей церкви с росписями Христа. Дан посещает её и размышляет о подмене Христа церковниками и о грядущей войне. Во время оккупации Аннушка, общавшаяся с немцами, начинает ненавидеть евреев. Завидуя еврейке Суламифи, девочка доносит на неё, и Суламифь убивают, а Аннушку отправляют в Германию на работы. Перед отъездом Дан поручает ей проклясть немцев, что она и выполняет. Вскоре Аннушка умирает от лихорадки.
Третья часть, «Притча о прелюбодеянии», посвящена третьей казни — похоти. В 1948 году в приволжском городе Бор живёт семья Колосовых: фронтовик Андрей, его жена Вера и дочери Тася и Устя. Рядом проживает семья Дана Яковлевича с дочерью Руфиной. Вера, испытывающая сложные отношения с мужем, влюбляется в Дана, но чтобы приблизиться к нему, сводит с ним дочь Тасю. Между ними завязываются отношения, которые узнаёт отец, пытающийся вместе с доносчиком Павловым убить Дана, но безуспешно. Вера предлагает Дану свои услуги в обмен на интимную близость, и он, любящий дочь, вынужден согрешить с матерью. Руфина случайно становится свидетелем этих событий, а Тася рассказывает об этом отцу, который сначала пытается убить жену, но вскоре умирает от горя. Руфина убегает в лес, где её едва не насилует Павлов, но спасают два медведя. После этих событий Руфина осознаёт своё пророческое предназначение и мирится с отцом, очищаясь от греха.
Четвёртая часть, «Притча о болезни духа», описывает травлю евреев в начале 1950-х годов и сопровождается авторскими размышлениями о русском антисемитизме. За духовную болезнь Бог посылает четвёртую казнь — моровую язву. В Москву к семье Иволгиных, состоящей из еврея-искусствоведа, его русской жены Клавдии и сына Савелия, приезжают племянники Клавдии — Нина и Миша, родители которых арестованы. Иволгины, боясь за свою безопасность и скрывая еврейство, отказываются от детей. За ними наблюдают соседские евреи — Дан Яковлевич и дочь. В стране происходят массовые разоблачения евреев-космополитов. Трусливый Иволгин, пытаясь избежать ареста, участвует в травле своего народа, но сам вскоре арестован и убит на допросе. После 1953 года у овдовевшей Клавдии появляется поклонник — старик Иловайский, разумный антисемит, ведущий с Даном долгие споры о русском христианстве. Иловайский использует метафору разбитой чашки, чтобы показать искажение христианства. Дан, осознавая невозможность переспорить старика, чувствует, что истинный смысл слова, о котором говорится в Евангелии от Иоанна, утрачен.
Пятая часть, «Притча о разбитой чаше», сопровождается авторскими рассуждениями о соотношении иудейства и христианства. Главные герои — дети Антихриста от разных матерей: Андрей Копосов, сын Веры, Василий Коробков, сын Марии, и Пелагея-Руфь, приёмная дочь Дана. Василий, Андрей и Савелий Иволгин учатся в Литературном институте. Андрей самостоятельно постигает Библию, открывая её смысл, противоположный традиционному христианскому. На выставке в Третьяковке Пелагея узнаёт в воинствующем антисемите Василии сына своего отца. Василий, проклиная «жидов», устраивает скандал и в итоге покончив с собой, повешивается. К Андрею приезжает мать, Вера, сообщая о том, что он сын Дана. Андрей, представляющий «доброе семя», знакомится с отцом, и семья отмечает еврейский религиозный праздник. Савелий, пребывая в состоянии полубезумия от неутолённой похоти, создаёт в алхимической колбе двух «философских человечков», с которыми ведёт беседы о пути к Богу, истине и вере. В результате он окончательно сходит с ума и помещается в психиатрическую больницу. Пелагея, живущая девственницей, понимает, что должна стать женщиной, и по примеру дочерей Лота соблазняет Антихриста, который в состоянии опьянения насилует её. От этого зачатия появляется сын, тоже Дан. Антихрист, исполнив своё предназначение, умирает, наставляя Андрея идти к Богу через разум и сомнение. Пелагея читает сыну пророчества Второисайи, предвосхитившего идеи Христа. Андрей, Пелагея с сыном и выздоровевший Савелий отправляются за город, где, наблюдая суровую природу, осознают сущность противостояния Христа и Антихриста: первый защищает грешников и гонителей, второй — покровительствует гонимым жертвам. Приближается последняя, пятая казнь — жажда, от которой не спасёт даже Христос.
