Рассказ ведётся от лица молодого человека по имени Мельхиор Штернфельс фон Фуксхейм, известного как Симплициус Симплициссимус, чья жизнь разворачивается на фоне событий Тридцатилетней войны в Европе. Родившись в крестьянской семье в деревне Шпессерт, он переживает жестокое нападение солдат, в ходе которого разоряется его дом, а семья терпит насилие и пытки. Спасаясь от страха, мальчик уходит в лес и находит приют у отшельника, бывшего дворянина и офицера, который даёт ему имя Симплициус и обучает его грамоте и религии. После смерти наставника герой покидает уединённое жилище и оказывается в крепости Ганау, где становится пажом губернатора. Узнав от священника о том, что Симплициус является сыном его умершей сестры, губернатор однако вынуждает его играть роль простака при дворе, переодев в шкуру и надевая шутовской колпак, обучая игре на лютне. Несмотря на маску дурака, юноша сохраняет здравый ум и смекалку.
Позднее, во время исполнения музыкальных обязанностей у крепости, он подвергается нападению кроатов и оказывается в лагере германских солдат под Магдебургом. Там полковник, оценив его музыкальный талант, принимает Симплициуса пажом и поручает ему наставника Херцбрудера. Симплициус заводит дружбу с сыном наставника, Ульрихом, который позже вынужден бежать, обвинённый в краже. После убийства Херцбрудера лейтенантом, герой остаётся один, меняет одежду на женскую и сталкивается с трудностями, включая обвинения в шпионаже и угрозу пыток. Его спасает внезапное нападение шведов, среди которых оказывается Ульрих, освобождающий друга и отправляющий его в безопасное место. Затем Симплициус поступает на службу к хозяину, сторожит монастырь и ведёт жизнь, наполненную учёбой и отдыхом. После смерти хозяина он наследует имущество, но обязуется вступить в солдаты вместо умершего, становясь искусным воином.
С течением времени герой отказывается от прежних наставлений, предаётся грабежам и убийствам, за что получает прозвище «егерь из Зуста». Его военная смекалка приносит известность. Однажды он находит клад, который оставляет на хранение в Кёльне у купца, но вскоре попадает в плен к шведам, где проводит шесть месяцев в относительной свободе и наслаждается вниманием женщин, включая дочь полковника, на которой вынужден жениться. Пытаясь вернуть клад, он сталкивается с банкротством купца, что задерживает его планы, и временно сопровождает двух дворян в Париж. Там благодаря музыкальному таланту и пению он завоёвывает популярность, выступает в Лувре и становится любовником многих дам. Однако, устав от жизни при дворе, он бежит из города.
Во время пути Симплициус заболевает оспой, что оставляет на лице шрамы и лишает голоса, вынуждая носить парик. Обкраденный и ослабевший, он пытается вернуться в Германию, но попадает в плен к немцам, где встречает Херцбрудера, который помогает ему освободиться. Несмотря на поддержку, герой вновь оказывается среди мародёров и разбойников, где встречает знакомого Оливье. После гибели Оливье от рук карательного отряда Симплициус решает вернуться к жене, но вскоре вновь встречает тяжело больного Херцбрудера. Вместе они отправляются в паломничество в Швейцарию, где Симплициус принимает католичество, затем лечатся в Бадене и Вене. Херцбрудер покупает ему капитанский чин, но вскоре погибает от отравления.
После смерти друга Симплициус вступает в новые любовные связи, женится на крестьянке, которая оказывается неверной и склонной к пьянству, и в конце концов умирает от отравления. Встреча с отцом раскрывает герою его дворянское происхождение и истинное имя. Вернувшись в деревню, он живёт с приёмными родителями, которые успешно ведут хозяйство. Услышав о загадочном Муммельзее, Симплициус отправляется туда и, благодаря волшебному камню, попадает в подводное царство сильфов. Получив камень с целебными свойствами, он надеется разбогатеть.
Когда деревню захватывают шведы, в доме героя поселяется полковник, предлагающий ему службу с обещаниями богатства. Вместе они достигают Москвы, где Симплициус строит пороховые мельницы, но полковник предаёт его. Царь держит его под охраной и направляет в Астрахань, но по пути тот попадает в плен к татарам, которые преподносят его королю Кореи. Оттуда он через Японию попадает в Макао, затем в Константинополь, где продаётся в гребцы на галеры. Освобождённый венецианцами, герой совершает паломничество в Рим и возвращается в Шварцвальд через Лоретто, проведя в странствиях три года.
Размышляя о прошедшей жизни, Симплициус решает уединиться как отшельник. Однажды ему снится видение ада и Люцифера; вместе с юношами Юлием и Аваром он переживает необычное путешествие, окончившееся смертью спутников. Проснувшись, он отправляется в новое паломничество в Эйнзидлен, а затем в Иерусалим, но в Египте попадает в плен к разбойникам, которые выставляют его за диковинного первобытного человека. Его освобождают европейские купцы и отправляют в Португалию. Во время морского путешествия корабль терпит крушение, и Симплициус вместе с плотником оказывается на необитаемом острове, где ведут жизнь, подобную Робинзону Крузо. Плотник увлекается изготовлением пальмового вина, но заболевает и умирает. Похоронив товарища, Симплициус остаётся один, описывая свою жизнь на пальмовых листьях. Позже на остров приплывает голландский корабль, и герой передаёт капитану свою книгу, решая остаться на острове навсегда.
