Автор в предисловии отмечает, что ставил перед собой значительные задачи, несмотря на небольшой объём произведения. Он стремился описать необычную для европейской литературы природу и обстановку — тропическую флору и ландшафт, расположив действие не у лесных ручьёв, как это часто бывает у других писателей, а на морском побережье под сенью кокосовых пальм и у подножия скал. Целью было соединить красоту природы с нравственной чистотой небольшого общества и показать, что истинное счастье возможно лишь при жизни в согласии с природой и добродетелью. Персонажи и события основаны на реальных людях и происшествиях.
На склоне горы возле Порта Людовика на острове Франции (ныне Маврикий) находятся руины двух хижин. Однажды рассказчик встретился со стариком, который поведал ему историю двух семей, живших здесь около двадцати лет назад. В 1726 году молодой человек из Нормандии по фамилии де Латур прибыл на остров с молодой женой в поисках счастья. Жена происходила из знатного рода, но семья отказалась признать их брак из-за отсутствия дворянского происхождения мужа и лишила её приданого. Оставив супругу в Порте Людовика, де Латур отправился на Мадагаскар за рабами, но заболел и скончался в пути. Вдова осталась без средств, кроме одной негритянки, и вместе с ней начала обрабатывать небольшой участок земли. В этих местах уже около года жила Маргарита — весёлая и добрая женщина из крестьянской семьи Бретани, которая, будучи заброшенной дворянином-любовником, покинула родные края. Её в работе поддерживал старый негр Доминго. Встреча двух женщин привела к дружбе: они разделили землю и построили рядом домики для постоянного общения и взаимопомощи. Старик, живший неподалёку, был крестным отцом у сына Маргариты, названного Полем, а затем и у дочери госпожи де Латур, получившей имя Виргиния. Доминго женился на негритянке Марии, и все жили в мире и согласии. Женщины занимались прядением, что позволяло им содержать семьи при минимальных потребностях. В город они ходили редко и облачались в башмаки лишь по воскресеньям, чтобы посещать церковь.
Поль и Виргиния выросли вместе, были неразлучны и не умели ни читать, ни писать. Их обучение заключалось в взаимной заботе и помощи. Госпожа де Латур беспокоилась о будущем дочери, поскольку та не имела состояния. Она неоднократно писала богатой тёте во Францию, пытаясь пробудить в ней сочувствие, но та холодно ответила, отрицая помощь и лишь попросив губернатора де Лабурдонне взять Виргинию под покровительство, причём в таком виде, что губернатор отнёсся к девушке враждебно. Маргарита утешала подругу, утверждая, что истинный покровитель — Бог, а не родственники. Виргиния отличалась добротой и однажды ходила вместе с беглой невольницей к её хозяину, выпрашивая прощение. Однажды, заблудившись в лесу после возвращения с Чёрной Реки, Поль и Виргиния стали читать молитву, и их спас верный пёс Фидель, приведённый Доминго по запаху их одежды.
Поль превратил их котловину в цветущий сад, насадив деревья и цветы, дав каждому месту символические названия: Утёс Обретённой Дружбы, Лужайка Сердечного Согласия, Отдохновение Виргинии у источника под кокосовыми пальмами, посаженными в честь рождения детей. Госпожа де Латур иногда читала вслух библейские истории, однако члены общества не углублялись в богословие и придерживались простого морального чувства и добрых дел. Они избегали общения и с богатыми поселенцами, и с бедными, но проявляли уважение и учтивость, что вызывало взаимное доверие. Для семей каждый день был праздником, особенно радостными были дни рождения матерей, когда Виргиния угощала бедняков пирогами и устраивала для них праздники. В жизни Поля и Виргинии не было часов, календарей и книг, их распорядок определялся природой и сельским трудом.
Со временем Виргинию стали мучить непонятные перепады настроения. В присутствии Поля она чувствовала смущение и стеснение. Маргарита всё чаще говорила о необходимости брака между детьми, но госпожа де Латур считала, что они слишком молоды и бедны. После совета со Стариком женщины решили отправить Поля в Индию торговать местными товарами, чтобы он мог купить рабов и затем жениться на Виргинии. Однако Поль отказался уезжать, не желая покидать родных. В это время из Франции пришло письмо от тёти, которая смягчилась и приглашала Виргинию во Францию для воспитания, обещая помочь ей. Госпожа де Латур не хотела отпускать дочь, но губернатор убедил её в необходимости этого шага. Виргиния, хотя и противилась, покорилась воле матери и духовника, пообещав вернуться и соединить свою судьбу с Полем. Поль, расстроенный отъездом, начал учиться грамоте у Старика, чтобы переписываться с возлюбленной.
Долгое время известий от Виргинии не было. Лишь через полтора года пришло письмо, в котором она сообщала, что предыдущие послания были перехвачены, и теперь она приняла меры предосторожности. Девушка находилась в пансионе при монастыре под Парижем, где её обучали, запрещая общение с внешним миром. Она скучала и ощущала Францию чужой и враждебной. Поль, сидя у посаженной Виргинией папайи, мечтал о службе королю и богатстве, чтобы заслужить право стать её мужем. Старик предупреждал его о невозможности этих планов из-за незаконного происхождения, но поддерживал надежду на скорое возвращение Виргинии.
24 декабря 1744 года на горе Открытий появился корабль, который должен был зайти в Порт Людовика. Лоцман сообщил о прибытии, а вместе с письмами пришло послание от Виргинии, где она рассказывала, что бабушка пыталась выдать её замуж насильно, лишила наследства и отправила домой в опасное время года. Узнав о прибытии Виргинии, жители поспешили в город, но разразился ураган, и корабль начал тонуть. Поль хотел броситься в море помочь девушке, но его удержали. Виргиния, стоя на палубе, простирала руки к Полю, отвергла матроса, который просил её снять платье, и, словно ангел, была поглощена волнами. Позже её тело выбросило на берег, при этом в руке она сжимала образок — подарок Поля. Виргинию похоронили возле церкви Пампельмуссов. Поль не смог пережить утрату и умер через два месяца, за ним последовала Маргарита. Старик перевёз госпожу де Латур к себе, но она пережила всех лишь на месяц. Перед смертью простила родственницу, от которой пострадала Виргиния. Тётю же постигло суровое возмездие: она страдала угрызениями совести, была признана сумасшедшей, лишена наследства и умерла в изоляции, сохранив ясность ума для осознания своего падения и презрения со стороны тех, чьё мнение всегда ценила.
Мыс, вокруг которого корабль не смог обогнуть в шторм, получил название Мыс Несчастья, а бухта, где нашли тело Виргинии — Бухтой Могилы. Поля похоронили рядом с Виргинией у подножия бамбуков, рядом с могилами матерей и слуг. Старик остался один, подобный другу без друзей, отцу без детей и одинокому путнику. Закончив рассказ, он удалился, проливая слёзы, а слушатель также не сдержал слёз.
