Действие романа разворачивается в середине XIX века в России и сосредотачивается вокруг конфликта поколений, выраженного в противостоянии традиционных взглядов и нового нигилистического мировоззрения. Главный герой, Евгений Базаров, молодой врач и представитель нигилизма, приезжает в имение своих друзей, Аркадия Кирсанова и его отца Николая Петровича. Аркадий, недавно окончив университет, находится под сильным влиянием Базарова, который отвергает все устоявшиеся ценности, включая искусство, религию и аристократические традиции.
Первые встречи в имении проходят на фоне напряжённого диалога между Базаровым и старшим поколением, особенно между ним и Николаем Петровичем, который придерживается более консервативных взглядов. Различие в мировоззрении становится источником конфликта, который отражает более широкий социальный раскол в российском обществе того времени. Аркадий, будучи более мягким и склонным к компромиссам, пытается примирить взгляды своего друга и отца, но его роль скорее пассивная.
Важным событием становится приезд в имение сестры Николая Петровича, Анны Сергеевны Одинцовой, женщины благородного происхождения, обладающей независимым и сильным характером. Между Базаровым и Одинцовой возникает сложное взаимное притяжение, которое оказывается для нигилиста неожиданным и противоречивым чувством. Эта линия раскрывает внутренний конфликт героя между его идеологическими убеждениями и личными переживаниями.
Параллельно развивается сюжетная линия Аркадия, который влюбляется в Катю, молодую крестьянку, воспитанную в имении. Их отношения символизируют попытку объединения разных социальных слоёв и преодоления идеологических противоречий. Катя олицетворяет традиционные ценности, в то время как Аркадий, под влиянием Базарова, находится в процессе формирования собственного мировоззрения.
Важным этапом становится возвращение Базарова в родное имение, где он сталкивается с болезнью и постепенным ослаблением своих физических сил. Его смерть символизирует крах нигилистических идеалов, не выдержавших испытания жизнью и чувствами. Прощание с Базаровым становится моментом осмысления и переосмысления позиций как старшего, так и младшего поколения.
Заключительные сцены романа показывают постепенное примирение между героями и признание необходимости диалога между различными взглядами. Николай Петрович и Аркадий, несмотря на прежние разногласия, стремятся понять друг друга и принять сложную реальность перемен. Катя становится символом надежды на будущее, в котором возможно сочетание традиций и новых идей.
Таким образом, сюжет развивается через череду ключевых событий, отражающих глубокий социальный и философский кризис эпохи. Конфликт между отцами и детьми представлен не только как личное противостояние, но и как отражение исторических процессов, связанных с трансформацией российского общества и поиском новых ориентиров.