Снижение роли религии в обществе не обязательно ведёт к утрате моральных ценностей. Существует мнение, что именно религия сдерживает человека от возврата к примитивным инстинктам, однако вопрос о том, является ли религия источником морали, остаётся открытым. Рассмотрение поведения животных, в частности человекообразных обезьян, позволяет взглянуть на эту проблему с другой стороны. Общественные животные, такие как некоторые млекопитающие и птицы, включая шимпанзе и бонобо — ближайших родственников человека — подчиняются социальным нормам своих групп. Исследования и наблюдения показывают наличие у этих видов эмпатии, которая необходима для формирования межличностной морали. Живущие в иерархических обществах шимпанзе и бонобо обладают такими качествами, как осознание последствий собственных действий, самоконтроль и способность к планированию, что способствует выживанию в сложных социальных структурах. Примером такого поведения служит шимпанзе из зоопарка, который каждое утро собирал камни, готовясь к взаимодействию с посетителями. Необходимость сотрудничества привела к появлению социальных правил, ставших основой для развития морали. Таким образом, мораль не является продуктом религии или философии, а представляет собой врождённое явление, заложенное природой и наблюдаемое у наших ближайших эволюционных родственников.

Франс де Вааль не относится к числу «новых атеистов», которые резко критикуют религию, он занимает гуманистическую позицию. Признавая вклад религии в развитие цивилизации, он выступает за сокращение её влияния и более активное использование человеческого потенциала. Вместе с тем он предупреждает, что категорическое отвержение религии и замена её другой идеологией или научной доктриной повторяет путь, который исторически проходили многие религиозные движения, и ведёт к тупику, отдаляющему человечество от понимания глубинных законов мироздания.

До середины XX века эволюционные связи между видами строились на основе анатомических признаков, однако с открытием структуры ДНК и накоплением генетических данных появилась возможность более точно определять время расхождения видов. Гоминиды отделились от человекообразных обезьян не позднее 5,4 миллионов лет назад, тогда как с гориллами и орангутангами родственные связи уходят глубже, более 7 миллионов лет назад. Ближайшими родственниками человека являются шимпанзе и бонобо, именно их изучению уделяется наибольшее внимание, однако это не означает, что предки современного человека выглядели так же, поскольку все эти виды эволюционировали параллельно, причём шимпанзе испытали большее эволюционное давление вследствие изменения среды обитания. Эволюционные датировки регулярно уточняются благодаря новым находкам и исследованиям геномов, однако родословная человекообразных обезьян остаётся недостаточно изученной.

Распространено представление о гоминидах до появления Homo sapiens как о грубых и неразумных существах, однако данные постоянно сдвигают сроки возникновения таких умений, как прямохождение, обработка камня и проявление творчества, на более ранние эпохи. Сложнее зафиксировать проявления сострадания, но известно, что неандертальцы заботились о больных и слабых членах своей группы. Физиологические сравнения показывают, что объём мозга неандертальцев был больше, чем у современных людей, а размер префронтальной коры, отвечающей за эмоции, у современного человека находится в пределах типичных значений для приматов. Объём мозга сам по себе не является показателем интеллектуального развития: у слонов он большой, у воронов — маленький, при этом вороны способны выполнять сложные задачи, например считать. Следует рассматривать относительный объём мозга и его отдельных частей. Абсолютный размер префронтальной коры у человека больше, чем у других приматов, но по относительному объёму он находится на сопоставимом уровне.

Когда бонобо впервые были обнаружены учёными, их приняли за карликовую разновидность шимпанзе, однако различия между этими двумя видами значительно глубже, чем просто размер особей. Шимпанзе обитают в Западной и Центральной Африке, тогда как бонобо распространены преимущественно в Демократической Республике Конго, в том числе в заповедниках. Шимпанзе крупнее и сильнее бонобо, в их сообществах доминируют самцы, тогда как у бонобо — самки. У шимпанзе сексуальные контакты менее часты и связаны с социальной иерархией, тогда как у бонобо сексуальные отношения широко распространены и служат средством социального взаимодействия, включая приветствия, знакомство и примирение. Шимпанзе проявляют большую агрессивность, ведут борьбу за доминирование, напоминающую политические игры с интригами и фракциями, в которых участвуют и самки. Бонобо же ведут более мирный образ жизни, конфликты у них возникают редко и обычно решаются с помощью сексуальных контактов. Шимпанзе склонны к соперничеству, а бонобо — к сотрудничеству. В поисках пищи шимпанзе часто разбиваются на небольшие группы или передвигаются в одиночку, тогда как бонобо держатся вместе и ждут отстающих.