Волшебную страну основал волшебник Гуррикап, который долго искал уединённое место и в итоге выбрал живописный уголок, окружённый непроходимыми горами и пустыней, чтобы оградить её от посторонних. В этом месте царило вечное лето, а звери и птицы обладали даром речи. Волшебник возвёл дворец в недоступных горах и приказал никому не приближаться к нему. Со временем он умер, его имя забыли, остался лишь запущенный дворец, к которому никто не осмеливался приблизиться.
С годами страна разделилась на несколько враждующих государств. В одном из них принц Бофаро задумал свергнуть своего отца, короля Наранью. Заговор раскрыли, и отец навсегда заточил сына с семьёй, а также всех заговорщиков и их семьи в подземелье, где возникло государство рудокопов. Жители подземелья приручили страшных шестилапых чудовищ и драконов, обитавших там. Постепенно они привыкли к жизни без солнца и выходили на поверхность лишь ночью, чтобы менять добытые в недрах драгоценные камни на пищу.
У принца Бофаро было семь сыновей, и чтобы не обидеть никого, он постановил, что каждый из них будет править страной поочерёдно, по месяцу. Они жили во дворце, разделённом на семь частей, каждая из которых была окрашена в цвет радуги. У каждого короля был собственный кабинет министров и законы. Народ тяжело трудился, чтобы удовлетворять требования правителей. В условиях отсутствия смены дня и ночи время определяли с помощью песочных часов, за которыми следил Хранитель времени.
Со временем срок правления одного из королей подходил к концу, и он должен был передать власть другому. Однако следующий наследник был младенцем, и за него правила мать, которая убедила Хранителя времени перевести часы вперёд. Это вызвало путаницу среди жителей, не знавших, кому подчиняться.
Шестилапых ловили специально обученные охотники. Во время одной из охот один из них обнаружил новый источник воды, решил напиться и уснул. Король отправил искать его, и охотника нашли возле небольшого углубления, в котором не было воды. После споров о его состоянии он очнулся, но оказался как новорождённый — не помнил ничего, не умел говорить, есть или пить. Позже он рассказал о случившемся. Исследования показали, что вода была усыпляющей, появляясь и исчезая.
Каждый король имел собственных слуг, на которых работал народ, поэтому было решено во время правления одного короля усыплять остальных вместе с семьями и свитой.
В это же время в Волшебную страну пришли четыре волшебницы — Гингема, Бастинда, Стелла и Виллина. После спора они разделили страну на четыре части, оставив центральную свободной. В эту часть попал Гудвин из Канзаса, которого жители приняли за могущественного волшебника. Он построил Изумрудный город и жил там, пока Элли не раскрыла его ложь. Гудвин вернулся в Канзас, а правителем Изумрудного города назначили Страшилу Мудрого.
После разгрома деревянной армии Урфина Джюса предатель Руф Билан скрылся в подземелье. Там он нашёл забытую кирку каменщиков, прорубил стену и разрушил бассейн с усыпляющей водой. Его схватили и привели к королю. История вызвала у правителя презрение, но за предательство судить не стали. Поскольку бассейн был разрушен по незнанию, Руфа Билана назначили дворцовым лакеем.
Исчезновение усыпляющей воды привело к трагедии: привыкшие к искусственному сну люди не могли самостоятельно уснуть и страдали от бессонницы, пока природа не взяла своё. Все жители бодрствовали, и продуктов не хватало на всех. Срочно был созван совет, который прервало известие о приближении к городу мальчика с девочкой и неизвестным зверьком.
В это время Элли с Тотошкой отправились навестить родственников. Она гуляла с кузеном Фредом и рассказывала о своих путешествиях в Волшебную страну. Однажды дети решили исследовать близлежащую пещеру. Родители, обнаружив их пропажу, нашли обвал и предположили, что дети погибли.
Однако дети выжили и, блуждая по лабиринту, вышли к подземной реке. Они взяли с собой надувную лодку, которой воспользовались для переправы. Через десять дней путешествия, когда запасы пищи закончились, им пришлось питаться рыбой. В итоге лодка вынесла их в подземную страну рудокопов.
Жители подземелья привели детей к королю. Руф Билан, увидев Элли, узнал её и сообщил правителю, что она — фея, уничтожившая двух злых волшебниц. Король согласился помочь Элли подняться на поверхность при условии возвращения усыпляющей воды.
Детям предоставили комфортабельные комнаты и приставили стражу. Летописец Арриго рассказал им историю подземной страны. Элли попросила короля известить Страшилу и Железного Дровосека о её прибытии, но получила отказ, так как друзья потребовали бы освобождения пленников, что грозило бы жителям подземелья серьёзными последствиями.
Элли с Фредом решили обмануть охрану. Под предлогом посещения бассейна с усыпляющей водой Тотошка попытался сбежать, рассчитывая на помощь сочувствующего Арриго.
Арриго вынес Тотошку на поверхность во время обмена продуктами с Жевунами. С помощью правителя Голубой страны Тотошка добрался до Изумрудного города. Страшила призвал Железного Дровосека и Смелого Льва, и друзья стали обсуждать план освобождения Элли. С письмом, прикреплённым к ошейнику, в котором сообщалось о помощи Мигунов и лесных зверей, Тотошка вернулся в подземелье.
Элли сделала вид, что колдует над источником, но вода не появилась. Она объяснила это тем, что силы подземных духов сильнее её магии.
Девочка предъявила королю ультиматум от Страшилы: если пленников не отпустят, Изумрудный город и союзники начнут войну. Король согласился сражаться, но только под землёй — поднимать войска на поверхность рудокопы не собирались. После возвращения Тотошку посадили в клетку, но Арриго помог Фреду выбраться на поверхность.
Фред добрался до Страшилы и пытался убедить его отказаться от войны. Искусный мастер Мигунов Лестер предложил сделать подземным жителям водяной насос. С этим предложением на переговоры прибыла делегация с поверхности.
В честь гостей устроили пышный пир, а с помощью дуболомов восстановили источник. Во время работ выяснилось, что вода усыпляет своими испарениями, но алмазы защищают от этого эффекта.
Получив усыпляющую воду, короли начали интриговать друг против друга, стремясь стать единоличными правителями. Однако Страшила Мудрый перехитрил их, усыпив всех королей и их свиты. Когда они проснулись, их воспитали как простых тружеников. Главой страны стал один из Хранителей времени — Ружеро, а остальные жители должны были молчать о прошлом королей. Руф Билан не пользовался доверием и был усыплён на десять лет в пещере.
Элли с Тотошкой и Фредом предстоит вернуться домой. Королева мышей Рамина предсказала, что это будет последнее путешествие девочки в Волшебную страну. Доставить детей домой поручили ручному дракону Ойххо. Друзья тепло попрощались с Элли, чувствуя, что видят её в последний раз.